π-CODE技术快速检测肺癌生物标志物的临床验证研究：IntelliPlex panel与NGS的高效对标分析

本研究针对非小细胞肺癌(NSCLC)分子检测中NGS技术存在的样本需求高、周期长等问题，验证了基于π-CODE微盘技术的IntelliPlex Lung Cancer Panel检测性能。通过对58例FFPE样本的对比分析，该panel在DNA检测中达到98%一致性，RNA融合检测100%匹配NGS结果，尤其对低质量样本展现61.5%的有效检出率。这项由巴西OC Medicina de Precis?o团队完成的研究为资源有限地区提供了可靠的NGS替代方案，相关成果发表于《Scientific Reports》。

　　

肺癌作为全球癌症相关死亡的首要原因，其精准诊疗面临严峻挑战。在非小细胞肺癌(NSCLC)占80-85%的病例中，尽管通过下一代测序技术(NGS)可识别大量临床可操作的基因组变异，但样本预处理失败率高、检测周期长等问题严重制约着临床决策效率。特别是在巴西等资源有限地区，高达35%的肿瘤样本因NGS检测失败而被迫采用单基因检测，使患者错失靶向治疗机会。这一困境催生了研究者对快速、高效检测技术的迫切需求。

来自巴西OC Medicina de Precis?o Oncoclínicas & Co S?o Paulo和西班牙University of Vic-Central University of Catalonia的Sandra Satie Koide、Breno Jeha Araújo等研究人员，创新性地评估了基于π-CODE微盘技术的IntelliPlex Lung Cancer Panel检测性能。这项发表在《Scientific Reports》的研究通过对比58例福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本与NGS金标准的检测结果，证实该技术可成为NGS的有效补充方案。

研究采用ReliaPrep FFPE Total RNA Miniprep System提取核酸，通过Qubit荧光定量法测定DNA/RNA浓度。关键技术包括：1)使用OncoSpan gDNA参考标准进行检测限(LOD)梯度实验；2)对比分析25例DNA样本(覆盖8基因74个变异)和34例RNA样本(5基因28种融合)的NGS与IntelliPlex结果；3)对13例NGS失败的RNA样本进行抢救性检测；4)采用π-CODE微盘技术实现40μm硅盘的多重检测，通过CCD相机读取荧光信号。

【Concordance assessment】部分显示，DNA检测总体一致性达98%，仅出现两例EGFR T790M突变漏检（因3.17%的检测限高于NGS的1%）。RNA检测实现100%完美匹配，包括EML4-ALK、CD74-ROS1等融合变异。特别值得注意的是，在13例NGS失败的样本中，61.5%(8/13)通过IntelliPlex成功检出，其中1例ROS1融合经FISH验证。

【Limit of detection】实验确定该技术对多数变异的检测下限为5%变异等位基因频率(VAF)，但对KRAS G13D存在特殊检测困难。在质量控制方面，该技术仅需10ng DNA和20ng RNA，较NGS的50ng DNA/200ng RNA要求显著降低，且全程仅需5小时，大幅缩短传统NGS的7天周期。

讨论部分指出，该技术虽无法覆盖TP53、STK11等伴随突变，但其快速、高效的特点使其在三种场景中价值凸显：1)小活检样本的优先选择；2)NGS失败的抢救方案；3)资源有限地区的替代检测。研究者特别强调，随着奥希替尼等三代EGFR TKI成为一线治疗，对T790M检测的需求降低，进一步弱化了该技术在此变异检测灵敏度上的局限。

这项研究为肺癌精准医疗提供了重要工具革新，其创新性体现在：1)首次系统验证π-CODE技术在肺癌分子分型中的应用；2)建立低质量样本的有效检测方案；3)为巴西等中低收入国家提供可行的精准医疗解决方案。通过分子肿瘤委员会(MTB)的临床推广，该技术有望优化全球肺癌诊疗路径，使更多患者受益于靶向治疗。