苔藓植物通用单拷贝直系同源基准基因集的构建与应用

本研究针对苔藓植物基因组研究缺乏标准化基因集的问题，由中国国家基因库等机构联合构建了首个苔藓植物通用单拷贝直系同源基准基因集bryophyte_odb10。该研究通过生物信息学分析建立了高质量基因集，为苔藓植物比较基因组学和进化研究提供了重要工具，相关数据已公开于OMIX011044和figshare平台。

　　

在植物基因组学研究领域，苔藓植物作为最早登陆的陆生植物类群，其进化地位和生物学特性具有独特研究价值。然而长期以来，该领域面临一个关键瓶颈——缺乏标准化的基因参考集，这严重制约了比较基因组学研究的可靠性和可重复性。不同实验室采用各自筛选的基因集进行分析，导致研究结果难以直接比较，特别是在探讨关键进化事件如植物陆地化适应机制时，这种数据异质性可能掩盖重要的生物学发现。

针对这一现状，深圳市城市管理局科学基金资助的研究团队开展了系统性研究。研究人员从方法论层面创新性地构建了"苔藓植物通用单拷贝直系同源基准基因集"（bryophyte_odb10），这项工作是中国10KP（万种植物基因组计划）的重要组成部分。该基因集的建立为苔藓植物基因组比较提供了统一标准，就像为纷繁复杂的基因组数据建立了一套"通用语言"，使得不同研究团队的数据能够实现无缝对接和比较分析。

研究采用的核心技术包括：1）多物种基因组比较的生物信息学流程，从代表性苔藓类群中筛选单拷贝直系同源基因；2）严格的基因集质量控制标准；3）中国国家基因库（CNGB）的数据库支持。样本来源于10KP项目积累的苔藓植物基因组资源。

【CRediT authorship contribution statement】
研究团队分工明确：董珊珊（Shanshan Dong）和刘洋（Yang Liu）负责项目设计和资金获取；周旭平（Xuping Zhou）完成主要生物信息学分析和论文撰写；彭涛（Tao Peng）和余金（Jin Yu）分别参与论文修订和数据管理工作。

【Data availability】
研究成果通过两个渠道开放共享：国家基因组科学数据中心的Open Archive（OMIX011044）和国际平台figshare（DOI:10.6084/m9.figshare.29225375），确保数据可及性和使用便利性。

【研究意义】
这项发表于《Journal of Genetics and Genomics》的工作具有多重价值：首先，bryophyte_odb10填补了苔藓植物基因组研究工具的空缺；其次，标准化的基因集将显著提升比较基因组学研究的可靠性；最后，作为10KP项目的阶段性成果，该研究为理解植物陆地化进化提供了新的研究范式。研究团队特别指出，这一资源将有助于解析苔藓植物特有的环境适应机制，为后续功能基因组学研究奠定基础。

值得注意的是，研究声明不存在利益冲突，所有数据完全公开，体现了开放科学的理念。深圳市城市管理局的基金支持（202403和202302）和中国国家基因库的平台支撑，共同保障了这项基础性研究的顺利开展。这项工作不仅是技术层面的突破，更是科研资源共享模式的典范，其方法论对其它植物类群的基准基因集构建具有重要参考价值。