Diaprepes abbreviatus（柑橘根象甲）从头转录组组装：功能基因组学与靶向害虫管理的分子基础

本研究针对农业重要害虫Diaprepes abbreviatus（柑橘根象甲）缺乏基因组资源的问题，通过跨7个发育阶段的RNA-seq测序，构建了包含991,860条转录本的高质量从头转录组，BUSCO完整性达99.2%。研究鉴定出16,082个性别差异表达基因，揭示代谢、信号转导和解毒通路（如细胞色素P450家族）的性别特异性调控模式，为开发基于RNAi的靶向防控策略提供分子靶点。该成果发表于《BMC Genomics》，建立了首个覆盖该害虫全生命周期的转录组数据库，推动可持续害虫管理研究。

　　

柑橘产业正面临一种隐蔽而致命的威胁——Diaprepes abbreviatus（柑橘根象甲）的幼虫在地下啃食根系，导致树木衰弱甚至死亡。这种害虫已在美国佛罗里达等地区造成严重经济损失，传统化学防治因幼虫土壤栖居特性收效甚微。更棘手的是，该物种缺乏高质量的基因组资源，严重阻碍了分子水平防控策略的开发。

佛罗里达大学Citrus Research and Education Center的研究团队在《BMC Genomics》发表突破性研究，通过跨生命周期的转录组解析，揭示了这种害虫的分子弱点。研究人员采集卵、新生幼虫、早期幼虫、晚期幼虫、蛹及成虫（雌雄各半）共7个发育阶段样本，采用Illumina NovaSeq X平台进行150bp双端测序，利用Trinity v2.15.1进行从头组装，结合BUSCO评估显示99.2%的完整性。

关键技术包括：1）跨发育阶段采样策略覆盖全生命周期转录动态；2）Trinity三模块（Inchworm-Chrysalis-Butterfly）组装流程处理短读长数据；3）CD-HIT-EST去冗余获得505,007个非冗余基因簇；4）DESeq2分析性别差异表达基因（DEGs）；5）RT-qPCR验证关键靶基因。

转录组组装和注释
研究获得N50达4,232 bp的组装结果，预测75,895个平均长度1,079 bp的编码序列（CDS）。WD40结构域（参与蛋白互作）占比最高，与昆虫发育调控特征相符。

性别差异表达
比较雌雄成虫发现16,082个DEGs（雌性6,948个，雄性9,134个），主成分分析（PCA）显示90.5%变异源于性别差异。雄性高表达基因富集于精子发生相关通路（如TEX9、SPATA6），雌性则富集卵黄蛋白合成相关基因。

关键功能通路
1）解毒代谢：细胞色素P450家族（CYP6/9）和糖苷水解酶基因差异表达，解释宿主适应性；
2）肌肉发育：肌钙蛋白家族基因在雄性高表达，与飞行能力相关；
3）线粒体功能：SLC25转运蛋白家族呈现性别特异性表达模式；
4）表观调控：甲基转移酶（Methyltransf_25）域基因表达差异达13.4倍。

结论与意义
该研究构建了首个高质量的D. abbreviatus全生命周期转录组资源，揭示性别二态性的分子基础，特别是解毒代谢（xenobiotic metabolism）和激素调控通路的差异。发现的WD40结构域基因和CYP450家族靶点，为开发性别特异性RNAi防控策略提供理论依据。研究建立的跨阶段采样和分析框架，可推广至其他非模式农业害虫研究，推动从化学防治向分子精准防控的范式转变。