基于基因组学的珊瑚礁隐栖鱼类Eviota sigillata物种复合体谱系划分研究

本研究针对珊瑚礁隐栖鱼类(CRF)中形态保守的Eviota sigillata物种复合体，采用ddRADseq基因组测序技术结合形态学分析，揭示该复合体包含9-13个隐存谱系，证实传统形态特征无法有效区分新发现谱系，为珊瑚礁鱼类隐存多样性研究提供了基因组学方法范式。

　　

珊瑚礁生态系统虽仅占海洋面积的1%，却孕育着全球三分之一的海洋鱼类多样性。在这片水下热带雨林中，体长不足5厘米的隐栖珊瑚礁鱼类(CRF)构成了生态系统的"隐形支柱"——它们占珊瑚礁鱼类物种数的40%和个体数量的50%，通过极高的代谢周转率维持着能量流动。然而，这些微小鱼类的分类学研究长期面临两大困境：一是保守的形态特征导致大量隐存种(cryptic species)未被发现；二是传统单基因标记在近期分化类群中分辨率不足。

华盛顿大学的研究团队选择全球广布的Eviota sigillata物种复合体为模型，该复合体包含两个形态相似的描述种（E. sigillata和E. shimadai），但线粒体COI数据暗示存在更多隐存谱系。研究人员采用整合分类学方法，结合显微形态测量、线粒体COI基因树分析和ddRADseq基因组数据，通过多物种溯祖模型(MSC)和贝叶斯因子划分(BFD*)等算法，在《Molecular Phylogenetics and Evolution》上揭示了这一复合体惊人的多样性模式。

关键技术包括：1) 跨印度-太平洋18个地理群体的样本采集；2) 基于双酶切ddRADseq获取85,608个SNP位点；3) 使用SNAPP算法构建物种树；4) 整合GMYC/ABGD/ASAP单基因划分方法与BFD*多基因划分结果。

【Phylogenetic analyses】章节显示：COI基因树初步分离出印度洋-珊瑚三角区和太平洋群体两大支系，而基于4,591个ddRADseq位点的系统发育树以100%支持率解析出9个单系群，显示传统形态鉴定特征（头部感觉孔模式/体表红色带纹）存在显著地理变异。

【Discussion】部分指出：1) 该复合体9-13个谱系的形成与印度-太平洋生物地理屏障（如华莱士线）密切相关；2) 59天超短生命周期（已知最短脊椎动物）加速了分子钟速率，导致COI存在"条形码间隙模糊"现象；3) 微生境特异性选择压力驱动了表型趋同进化。

结论表明：1) 基因组数据支持将E. sigillata复合体拆分为至少9个物种；2) 珊瑚礁CRF的隐存多样性可能被严重低估；3) 该方法为其他形态保守的海洋生物分类修订提供了范式。该研究不仅更新了我们对珊瑚礁鱼类多样性的认知，更揭示了微体生物在海洋生物地理学研究中的独特价值——正如作者Marta C. Gómez-Buckley所述，这些"微小的时间胶囊"记录了大尺度地理隔离事件的精细过程。