菲律宾马尼拉生鲜市场鸡肉源携带pESI质粒的沙门氏菌 Infantis血清型全基因组测序及耐药性分析

来自菲律宾的研究人员针对生鲜鸡肉中携带pESI质粒的沙门氏菌Infantis( Salmonella Infantis )展开全基因组测序研究，首次获得包含4,727,598 bp染色体、308,757 bp pESI质粒和5,423 bp小质粒的完整基因组，揭示该菌株携带blaCTX-M-65等8种耐药基因(ARGs)，为追踪耐药质粒全球传播提供关键数据。

　　

在菲律宾马尼拉圣胡安市的生鲜市场(坐标14.605437,121.023054)，科研人员从生鲜鸡肉中分离出一株携带"新兴沙门氏菌质粒"(plasmid of emerging S. Infantis, pESI)的肠炎沙门氏菌Infantis血清型( Salmonella enterica serovar Infantis )菌株SCD6R1a。通过牛津纳米孔技术(Oxford Nanopore Technologies)的MinION测序仪和Illumina双平台测序，研究团队采用Trycycler混合组装策略，最终获得包含4,727,598 bp染色体(GC含量52.3%)、308,757 bp大质粒pESI(GC含量50.49%)和5,423 bp小质粒(GC含量47.15%)的完整基因组。

测序数据显示，该菌株染色体覆盖深度达67.7X(短读长)和138.4X(长读长)，pESI质粒覆盖深度分别为69.5X和95.0X。令人关注的是，pESI质粒上鉴定出8个耐药基因：氨基糖苷类耐药基因aadA1和aac(3)-IVa、季铵盐化合物外排泵qacEdelta1、磺胺类耐药基因sul1、四环素外排转运蛋白tet(A)、超广谱β-内酰胺酶bla_CTX-M-65、氯霉素外排蛋白floR以及氨基糖苷磷酸转移酶aph(4)-Ia。这些基因的精准定位为98,776-232,123核苷酸区间。

研究采用IndiSpin病原体试剂盒提取DNA，使用纳米孔快速条形码建库试剂盒(SQK-RBK114)制备文库，经Medaka和Polypolish软件抛光后，通过NCBI原核基因组注释管道完成基因注释。该成果由菲律宾农业-生物技术计划办公室资助，为理解pESI质粒在禽肉产业链中的传播机制提供了重要基线数据。