全基因组扫描揭示安纳托利亚本土鸡种适应性与经济性状的遗传印记

来自土耳其的研究人员通过双酶切限制性位点关联DNA测序(ddRADseq)技术，结合纯合片段(ROH)分析和Tajima's D指数，对Denizli(DNZ)和Gerze(GRZ)两个安纳托利亚本土鸡种进行全基因组选择信号扫描。研究发现HIKESHI等基因与耐热性相关，GRIN2B基因可能解释DNZ品种长鸣特征，并鉴定出DDAH1等13个与商业鸡种共有的经济性状相关基因，为家禽抗逆育种提供重要分子标记。

　　

采用双酶切限制性位点关联DNA测序(ddRADseq)技术，研究人员对安纳托利亚本土鸡种Denizli(DNZ)和Gerze(GRZ)展开全基因组选择信号扫描。通过结合纯合片段(ROH)分析和Tajima's D指数，在DNZ和GRZ品种中分别鉴定出269和772个存在选择信号的单核苷酸多态性(SNP)，对应32和58个蛋白质编码基因。这些基因均位于ROH岛区域，提示其在群体中已趋于固定。

有趣的是，受选择基因多与环境适应性相关：耐热性相关基因HIKESHI和DNAJC13、病原体抵抗相关基因OTOGL和GRAP2、听觉功能基因PTPRQ、与鸣叫学习相关的GRIN2B等。特别值得注意的是，GRIN2B基因可能从遗传学角度解释了DNZ品种特有的长鸣特征——该基因在鸟类中与发声学习能力密切相关。

通过Rsb分析方法对比商业肉鸡(BROHIB)和蛋鸡(LAYHIB)品系，发现10个(DDAH1、BCL10等)和3个(NRP1等)基因在本地品种与商业鸡种中共同受选择，暗示这些基因可能影响重要经济性状。

这项研究生动揭示了自然选择如何塑造安纳托利亚本土鸡种的基因组，为理解家禽环境适应机制提供了分子层面的证据，同时鉴定出的候选基因为家禽抗逆育种提供了宝贵的遗传标记。