m6A修饰的lncRNA CTC-297N7.9通过表观遗传调控CCL2和CD47抑制肝癌转移的机制研究

本研究针对肝癌（HCC）高转移特性的临床难题，揭示了lncRNA CTC-297N7.9的m6A修饰通过YTHDC1/SETDB1/EZH2复合物表观沉默CCL2和CD47表达，从而抑制肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）浸润与M2极化并促进巨噬细胞吞噬作用。该发现为肝癌预后评估和免疫治疗提供了新靶点。

　　

肝癌作为全球第三大癌症死因，其高死亡率主要归因于早期诊断困难和高转移倾向。尽管免疫治疗为晚期肝癌患者带来希望，但肿瘤微环境（TME）的异质性严重制约疗效。其中，巨噬细胞的极化状态和吞噬功能是影响肝癌进展的关键因素——M2型肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）促进转移，而CD47等"别吃我"信号分子则帮助肿瘤细胞逃避免疫清除。与此同时，RNA表观修饰m⁶A在肿瘤免疫调控中的作用逐渐成为研究热点，但其在肝癌转移中的具体机制仍待阐明。

针对这一科学问题，右江民族医学院附属医院的研究团队通过临床样本分析和多组学技术，发现长链非编码RNA CTC-297N7.9的m⁶A修饰水平在肝癌组织中显著降低，且与微血管浸润和不良预后相关。研究人员构建了m⁶A位点突变的CTC-297N7.9细胞模型，结合体内外实验证实：m⁶A修饰通过增强CTC-297N7.9稳定性，进而招募表观调控复合物YTHDC1/SETDB1/EZH2至CCL2和CD47启动子区域，增加抑制性组蛋白标记H3K9me3和H3K27me3的沉积，最终实现双重调控——既减少TAMs招募和M2极化，又增强巨噬细胞对肿瘤细胞的吞噬作用。该成果发表于《Cancer Cell International》，为肝癌免疫治疗提供了新的表观遗传调控靶点。

研究采用甲基化RNA免疫沉淀（MeRIP）、单碱基延伸qPCR（SELECT）检测m⁶A修饰；通过染色质RNA纯化（ChIRP）、转座酶可及染色质测定（ATAC）和CUT&Tag技术解析表观调控机制；建立小鼠肝/肺转移模型验证功能；利用64对肝癌临床标本进行预后分析。

主要研究发现：

1. m⁶A修饰特征：CTC-297N7.9第252位点的m⁶A修饰在肝癌中显著降低，且修饰水平与患者生存期正相关（图1C-G）。METTL3/METTL14介导的m⁶A修饰通过增强RNA稳定性上调CTC-297N7.9表达（图2）。

2. 转移抑制功能：野生型（含m⁶A修饰）CTC-297N7.9可抑制小鼠肝癌肝/肺转移，而m⁶A位点突变体无此效应（图3G-H），证实其m⁶A依赖性抗转移作用。

3. 免疫微环境调控：

   • 通过下调CCL2减少TAMs浸润和M2极化（图4-5），CCR2拮抗剂CCX872可逆转该效应（图5G-H）
   • 通过抑制CD47表达增强巨噬细胞吞噬功能（图6-7），CD47敲除可恢复吞噬活性（图7H-I）

4. 表观调控机制：m⁶A修饰的CTC-297N7.9招募YTHDC1，后者介导SETDB1和EZH2在CCL2/CD47启动子的结合，增加H3K9me3/H3K27me3修饰并降低染色质开放性（图8-9）。

该研究首次揭示m⁶A修饰通过lncRNA-表观遗传调控轴影响肝癌免疫微环境的新机制。临床意义在于：①CTC-297N7.9的m⁶A修饰水平可作为肝癌预后标志物；②联合靶向CD47和CCL2通路可能成为抗肝癌转移的新策略；③为开发基于RNA表观修饰的免疫治疗提供理论依据。研究创新性地将RNA修饰、表观遗传和肿瘤免疫三大领域有机结合，为肝癌精准治疗开辟了新思路。