Hypopterygium flavolimbatum叶绿体全基因组解析：填补苔藓植物系统发育与生态适应研究的基因组空白

本研究首次报道了东亚特有苔藓植物Hypopterygium flavolimbatum的完整叶绿体基因组（125,283 bp），揭示其包含86,845 bp大单拷贝区（LSC）、18,606 bp小单拷贝区（SSC）及9,916 bp反向重复区（IR），注释到127个功能基因。通过最大似然法（ML）构建的系统发育树显示该物种与Myurella julacea等Hypnobryales目物种形成高支持度（bootstrap=100）分支，为苔藓植物（Bryophyta）进化研究提供了关键分子标记。

　　

【Abstract】
针对Hypopterygium属植物基因组资源匮乏的现状，本研究完成了Hypopterygium flavolimbatum Müll. Hal.叶绿体全基因组测序。该基因组呈现典型的四部分结构，包含82个蛋白编码基因、36个tRNA和8个rRNA基因。系统发育分析表明其与Myurella julacea等物种构成单系群，为苔藓植物分类提供了分子依据。

【Introduction】
作为广泛分布于东亚的苔藓植物，H. flavolimbatum在森林生态系统中具有重要的水土保持功能。尽管已有形态学研究，但缺乏基因组数据限制了其系统发育研究。本研究通过叶绿体基因组测序，填补了该属植物的分子生物学空白。

【Materials and methods】
2024年10月于中国成都（30.69°N, 104.05°E）采集标本，经向华芳博士鉴定后保存于景宁畲族自治县生态林业发展中心。使用Illumina HiSeq 2500平台进行测序，GetOrganelle软件组装，GeSeq和CPGAVAS2在线平台注释。采用RAxML构建包含20个苔纲物种的系统发育树，以Sanionia uncinata作为外类群。

【Results】

1. 基因组特征：GC含量28.82%，鉴定到11个顺式剪接基因（如rpl2、ndhB等）及典型的分裂结构rps12基因。
2. 系统发育：与Myurella julacea等物种形成100%支持度的进化分支，证实其属于Hypnobryales目。

【Discussion and conclusion】
该叶绿体基因组具有典型的苔藓植物特征，其系统发育位置支持传统形态学分类。研究发现为理解苔藓植物适应性进化提供了新视角，特别强调了东亚特有物种在生态系统服务中的重要性。基因组数据将促进后续比较基因组学及保护生物学研究。

【Ethical approval】
研究经丽水职业技术学院许可，所用材料未列入IUCN濒危物种名录，采样点不在保护区内。

【Data availability】
数据已存入GenBank（PQ774561），关联项目编号PRJNA1199712。