基于证据体系的KMT2A融合基因分类工作流程在急性髓系白血病中的系统建立与应用

本研究针对急性髓系白血病(AML)中KMT2A融合基因缺乏标准化分类指南的现状，开发了一套基于Horak评分系统的证据加权分类工作流程。研究人员通过分析100例KMT2A融合样本，鉴定出20种不同伴侣基因（含5种新型伴侣），97%的断裂点位于主要断裂簇区域(BCR1)，并建立了包含功能域保留、文献证据等要素的10分制评分体系。该工作流程实现了9例融合的重新分类，为AML精准诊断提供了标准化工具，对指导menin抑制剂靶向治疗具有重要意义。

　　

在血液系统恶性肿瘤中，KMT2A（曾用名MLL）基因重排是急性髓系白血病(AML)的重要驱动因素，约占病例的5-10%。这类患者往往预后较差，5年生存率不足35%。尽管近年来menin抑制剂(如revumenib)的临床应用为KMT2A重排患者带来了新希望，但临床实践中仍面临重大挑战：目前缺乏标准化的KMT2A融合基因致癌性评估体系，导致不同实验室的分类结果可能存在差异，进而影响治疗决策。特别值得注意的是，KMT2A已报道的伴侣基因超过100种，其断裂位点分布、功能域保留情况各异，这些因素如何影响融合蛋白的致癌潜能尚不明确。

针对这一临床痛点，Laboratory for Personalized Molecular Medicine (LabPMM，美国个性化分子医学实验室)的研究团队开展了一项开创性研究。研究人员基于Horak等人提出的体细胞变异分类框架，创新性地开发了专门针对KMT2A融合基因的标准化评估工作流程。这项发表在《The Journal of Molecular Diagnostics》的研究，不仅建立了可量化的证据评分体系，还通过对100例临床样本的系统分析，验证了该工作流程的实用价值。

研究采用实验室自有的CAP/CLIA认证MyAML和MyMRD基因panel检测数据，运用Illumina测序平台（MiSeq/NovaSeq 6000）进行二代测序，通过GRCh37基因组比对和专有结构变异分析流程，对2014-2024年间检测的KMT2A融合事件进行全面回顾。研究特别选用MANE Select转录本NM_001197104.2作为参考，明确定义了主要(BCR1)和次要(BCR2)断裂簇区域的基因组坐标。

研究结果部分通过多个维度展示了重要发现：

证据评分体系的建立
研究团队创新性地在Horak标准前添加"F"前缀来区分融合特异性证据，建立了包含9类证据的评分系统。其中，F-OS3（≥3例类似融合报道）可获4分，F-OM1（保留CXXC锌指结构域）获2分。10分制阈值设定使得81%的常见融合可直接判定为致癌性，而断裂点位于BCR1/BCR2之外的融合则自动归类为临床意义不明变异(VUS)。

融合特征分析
在100例KMT2A融合中，97例断裂点位于BCR1（内含子6-外显子12），未发现BCR2断裂病例。共鉴定出20种伴侣基因，包括5种新型伴侣（MYB、RC3H1、SNAPC3、STPG1和HPSE2）。最常见的伴侣基因MLLT3、ELL和AFDN占比达73%，其断裂位点呈现显著聚集现象。

临床分类变化
应用新工作流程后，9例融合的分类发生改变。典型案例如KMT2A::MLLT6因断裂点位于内含子4（丢失CXXC域）从致癌性降级为VUS；而4例原VUS Suspicious的新型融合因保留关键功能域升级为可能致癌性。所有涉及转录因子伴侣（如MLLT3、ELL）的融合均保持致癌性分类。

伴侣基因功能域分析
对前五大伴侣基因的深入分析揭示：34例KMT2A::MLLT3中82.35%断裂于内含子5，保留AHD域；所有12例KMT2A::AFDN均断裂于内含子1，保持完整的Ras关联域。这些保留的功能域通过与DOT1L、pTEFb等分子的相互作用，共同驱动HOX基因簇的异常激活。

这项研究建立的标准化工作流程具有多重重要意义。首先，它填补了AML领域融合基因分类指南的空白，为临床实验室提供了可操作的评分标准。其次，通过系统分析伴侣基因的断裂模式，加深了对KMT2A融合致癌机制的理解，特别是不同功能域在转录调控中的作用。最重要的是，该工作流程可直接指导menin抑制剂的临床应用，确保符合治疗指征的患者能及时获得精准治疗。

研究人员特别指出，随着更多KMT2A融合数据的积累，这一工作流程将持续优化。未来需要进一步探索伴侣基因特异性对预后的影响，以及BCR1/BCR2外断裂的潜在临床意义。这项研究不仅为AML分子诊断树立了新标准，其基于证据加权的分类思路也可推广至其他结构变异的评估中，推动精准血液病学的发展。