外显子测序揭示巴基斯坦近亲婚配家庭神经肌肉疾病的广泛遗传异质性

本研究针对巴基斯坦近亲婚配家庭中未确诊的神经肌肉疾病（NMDs），采用外显子测序（WES）作为一线诊断方法，成功鉴定了SPEN、POMT1等基因的新发变异及MMP2、ARL13B等已知致病突变，首次报道了NPHP4与Radio-Tartaglia综合征共分离病例。该研究为低收入国家（LMICs）的精准诊断提供了重要范式，发表于《European Journal of Human Genetics》。

　　

神经肌肉疾病（NMDs）是全球致残和致死的主要病因之一，但在医疗资源匮乏的低收入国家（LMICs），患者常面临误诊或漏诊困境。巴基斯坦作为近亲婚配率高达70%的国家，隐性遗传病负担尤为沉重，但缺乏系统的遗传诊断体系。传统诊断方法受限于临床表型重叠和技术条件，而外显子测序（WES）技术为破解这一难题提供了新思路。

巴基斯坦国家生物技术与遗传工程研究所（NIBGE）与英国利兹大学的研究团队合作，对5个巴基斯坦近亲婚配家庭的未确诊NMD患者开展研究。通过WES结合纯合性作图，研究人员不仅发现了MMP2基因已知致病突变（c.1287del）导致的骨溶解综合征、ARL13B突变（c.599G>A）引发的Joubert综合征，还首次报道了SPEN基因框内缺失（c.351_356del）与NPHP4截短突变（c.305_306del）共分离的罕见病例。这些发现为理解NMDs的遗传基础提供了新证据。

研究采用的关键技术包括：1）基于Twist Exome 2.0试剂盒的WES建库与NextSeq2000测序；2）GATK流程进行变异检测；3）Agile Multideogram纯合性区域分析；4）ACMG标准进行变异分类；5）Sanger测序验证家系共分离。样本来自巴基斯坦偏远村庄的5个近亲家系，包含多例未确诊患者。

家系A：鉴定出MMP2基因移码突变（p.Asn430ThrfsTer68），该变异通过破坏基质金属蛋白酶-2的催化结构域导致多中心骨溶解综合征，临床表现为关节挛缩和骨骼畸形。

家系B：发现POMT1新发错义突变（p.Gln528Arg），该基因编码O-甘露糖转移酶，其缺陷可引起肌营养不良-肌聚糖病（limb-girdle型）。

家系C：首次报道SPEN基因框内缺失（p.Pro119_Pro120del）与NPHP4截短突变共分离现象，前者导致Radio-Tartaglia综合征的隐性遗传形式，后者引发肾单位痨症，解释了患者兼具神经发育异常和肾衰竭的复杂表型。

家系D：ARL13B突变（p.Arg200His）被确认为Joubert综合征8型的致病原因，女性患者表现出更严重的共济失调，可能与X染色体表达量差异相关。

家系E：SPG11基因移码突变（p.Leu2271AspfsTer68）导致痉挛性截瘫伴轻度智力障碍，印证了spatacsin蛋白在轴突维持中的关键作用。

这项研究的意义在于：1）拓展了NMDs的突变谱，首次揭示SPEN隐性突变可导致Radio-Tartaglia综合征；2）证实WES在LMICs的诊断价值，诊断率达100%；3）强调巴基斯坦人群特有的遗传变异特征，如gnomAD数据库中43.4%的南亚特有变异未被ClinVar收录。研究人员指出，尽管基因组测序（WGS）能检测更深层变异，但在资源有限地区，WES仍是性价比最优的首选方案。该成果为近亲婚配人群的遗传咨询和产前筛查提供了重要依据，同时呼吁加强全球变异数据库的多样性建设。