TK6与L5178Y细胞背景突变频率研究：对纠错测序技术应用的影响与优化策略

【编辑推荐】研究人员通过单细胞克隆基因组比对，揭示商业化TK6和L5178Y细胞存在高背景突变频率（MFs达9×10?7和6×10?7 mut/bp），而新制备克隆群体MFs显著降低。采用HiFi测序技术证明低背景MFs群体对诱变剂N4-羟基胞苷更敏感，为纠错测序（ECS）实验设计提供关键质量控制依据。

　　

在探索超低频突变检测的纠错测序技术(Error-Corrected Sequencing, ECS)应用时，科学家们发现永生化细胞系中自发积累的DNA复制错误可能干扰实验结果。通过对比商业化TK6和L5178Y细胞群与新鲜单细胞克隆的基因组，检测到前者背景突变频率(Mutation Frequencies, MFs)高达9×10^?7和6×10^?7 mutations/base pair (mut/bp)，而新制备克隆群体MFs锐减至0.5×10^?7和1×10^?7 mut/bp。

为验证背景MFs对ECS的影响，研究者用诱变剂N4-羟基胞苷(N4-hydroxycytidine)处理细胞5天后，采用高精度HiFi测序技术分析。结果显示：低背景MFs的新克隆群体比商业化细胞表现出更显著的相对MFs增幅。有趣的是，当采用绝对MFs变化分析时，两类群体数据更具可比性。这项发现如同给ECS实验装上了"背景降噪器"，提示细胞传代历史会显著影响突变检测灵敏度，为体外遗传毒性评价提供了关键的质量控制新视角。