肯尼亚Busia县恶性疟原虫携带氯喹耐药基因但无青蒿素耐药等位基因的流行状况研究

本研究针对撒哈拉以南非洲地区青蒿素部分耐药(Pfkelch13突变)的恶性疟原虫新发威胁，通过高度多重化的深度扩增子测序技术，对肯尼亚-乌干达边境Busia县的118例患者样本进行抗疟药耐药相关基因(Pfkelch13/Pfcrt/Pfmdr1/dhfr/dhps)多态性分析。结果显示该地区未检出WHO确认的青蒿素耐药突变，但存在5.1%的A578S非耐药突变；同时发现11%样本携带氯喹耐药Pfcrt突变(CVIET/SVMNT单倍型)，98%样本存在磺胺多辛-乙胺嘧啶(SP)耐药突变。该研究为东非抗疟策略制定提供了重要分子流行病学依据。

　　

在人类与疟疾的漫长斗争中，抗疟药物的耐药性问题始终如达摩克利斯之剑高悬。近年来，撒哈拉以南非洲地区检测到与青蒿素部分耐药(ART-R)相关的Pfkelch13基因突变，这给全球疟疾防控敲响了警钟。更令人担忧的是，与历史上氯喹(CQ)和磺胺多辛-乙胺嘧啶(SP)耐药由亚洲传入非洲不同，这些青蒿素耐药突变正在非洲多地独立涌现。位于肯尼亚-乌干达边境的Busia县作为疟疾高发区，其耐药株流行状况直接关系到东非疟疾防控策略的制定。

肯尼亚医学研究所(KEMRI)的Noah Machuki Onchieku等研究人员开展了一项重要研究，通过对该地区118例患者样本的系统分析，揭示了抗疟药耐药基因的流行特征。这项发表在《Malaria Journal》的研究采用了多重分子检测技术：首先通过显微镜、快速诊断试纸(RDT)和qPCR确认恶性疟原虫感染；采用Chelex法从干血斑(DBS)提取DNA；运用高度多重化的巢式PCR扩增Pfkelch13(430-720位密码子)、Pfcrt、Pfmdr1、dhfr和dhps等耐药相关基因片段；最后通过Illumina MiSeq平台进行深度扩增子测序，使用CLC Genomics Workbench进行变异分析。

PfKelch13 A578S突变等位基因检测
研究发现6例(5.1%)样本携带Pfkelch13 A578S突变，该突变虽位于螺旋桨结构域，但并非WHO确认的ART-R相关突变(R561H/A675V/C469Y/R622I)。这一频率低于西非某些地区，且未发现其他已知耐药突变。

氯喹耐药寄生虫库的持续存在
Pfcrt基因分析显示89%样本为氯喹敏感型(CVMNK单倍型)，但仍有11%携带耐药突变。其中62%为东南亚和非洲常见的三突变型CVIET(含M74I/N75E/K76T)，38%为双突变型SVMNT(C72S/K76T)。值得注意的是，Pfmdr1基因中与氯喹耐药相关的N86Y和D1246Y突变完全缺失，但80.5%样本存在Y184F突变。

磺胺多辛-乙胺嘧啶耐药等位基因高频出现
dhfr基因突变率高达98%，主要呈现三突变型N51I/C59R/S108N(64%)和双突变型N51I/C59R(32%)。dhps基因则全部携带A437G突变，84.7%为S436野生型，5.1%存在S436A突变。这种突变谱表明SP临床疗效可能已严重受损。

Pfhrp2缺失检测
所有样本均保留完整的Pfhrp2基因，保证了HRP2型RDT诊断的可靠性，这与肯尼亚其他地区报道的hrp2缺失现象形成对比。

研究结论指出，Busia县目前尚未出现青蒿素临床耐药株，但A578S突变的存在需要持续监测。虽然氯喹敏感型寄生虫已占主导，但耐药株的持续存在警示我们：任何重新启用氯喹的方案都应避免单药治疗。更令人担忧的是SP耐药突变近乎固定化的现状，这对孕期疟疾间歇预防治疗(IPTp)策略提出了挑战。这些发现为肯尼亚抗疟政策的动态调整提供了关键分子证据，强调了建立耐药监测网络的重要性。正如作者强调的，在缺乏替代方案的情况下，持续开展大规模基因组监测，将是维持抗疟疗效的重要保障。