丹麦耐万古霉素粪肠球菌克隆的毒力特征演变及其临床意义研究（2015-2023）

这篇研究系统分析了丹麦2015-2023年间516例耐万古霉素粪肠球菌（VREfm）血流分离株的毒力特征，通过全基因组测序（WGS）和单连锁聚类鉴定出6个优势克隆群。研究更新了包含35个潜在毒力标记（PVMs）的VirulenceFinder数据库，揭示了不同克隆群在菌毛基因簇（PGC-1/2/4）、碳水化合物代谢基因（orf1481、ccpA）和生物膜形成基因（hylEfm、capD、lysM3）上的显著差异，为理解VREfm的致病性变异和克隆演替提供了分子基础。

　　

ABSTRACT
自2012年以来，丹麦耐万古霉素粪肠球菌（VREfm）感染率显著上升，其流行克隆呈现持续更替现象。研究团队通过分析516例VREfm血流分离株，利用全基因组测序技术更新了包含35个潜在毒力标记（PVMs）的VirulenceFinder数据库，新增8个与菌血症相关的基因（prpA、tirE1/2、capD、lysM1-4）。

INTRODUCTION
粪肠球菌（E. faecium）已成为全球医院感染的主要病原体，其万古霉素耐药株（VREfm）被WHO列为重点防控病原体。该菌通过获得质粒和移动遗传元件（MGEs）快速进化，积累表面蛋白、菌毛和生物膜相关毒力因子。研究基于此前发布的27个PVMs数据库，重点解析了丹麦优势克隆的毒力特征差异。

MATERIALS AND METHODS
研究纳入2015-2023年丹麦10家医院的516例VREfm血流分离株，采用Illumina平台进行全基因组测序（平均覆盖度≥30×）。通过cgMLST（核心基因组多位点序列分型）和单连锁聚类（SLC≤20等位基因差异）划分克隆群，利用Northern Arizona SNP Pipeline构建系统发育树。更新的毒力数据库包含五大类功能基因：①细胞壁锚定蛋白（如acm、scm）；②碳水化合物代谢相关（ccpA、tirE1/2）；③磷酸转移酶系统（ptsD、bepA）；④分泌蛋白（hylEfm、lysM1-3）；⑤应激蛋白（gls20/33）。

RESULTS
研究鉴定出6个优势克隆：

1. ST80-CT14 vanA：缺失ecbA基因，lysM3检出率>80%
2. ST117-CT24 vanA：携带完整PGC-1簇（fms20/21检出率≥80%）
3. ST203-CT859 vanA：完全缺失PGC-1簇（fms20/21）
4. ST1421-CT1134 vanA：hylEfm基因100%存在
5. ST80-CT2406 vanB：特异性携带tirE1/2（检出率>80%）
6. ST117-CT36 vanB：lysM3完全缺失

关键发现显示：ST80-CT2406 vanB克隆作为最新优势株，独特性携带促进血液存活的tirE基因；而ST1421-CT1134 vanA则普遍存在与生物膜形成相关的hylEfm基因。

DISCUSSION
克隆演替与毒力特征密切相关：
• 医院环境适应：HA（医院相关）克隆携带更多PVMs（如esp、hylEfm），其基因组更大且含更多MGEs
• 代谢优势：ccpA等碳水化合物代谢基因的变异可能增强肠道定植能力
• 血液存活：ST80-CT2406 vanB特有的tirE基因可能解释其临床优势
• 表面蛋白：所有克隆均携带acm、scm等粘附相关基因，但ecbA在ST80克隆中缺失

CONCLUSION
更新后的VirulenceFinder数据库为VREfm毒力分析提供了标准化工具，揭示克隆特异性PVMs分布模式与临床适应性密切相关。ST80-CT2406 vanB中tirE基因的普遍存在提示其可能成为未来监测的重要分子标记。