首例从东部靛蓝蛇胃灌洗样本中组装的蛇隐孢子虫宏基因组组装基因组

研究人员从东部靛蓝蛇（Drymarchon couperi）胃灌洗样本中成功组装出首例蛇隐孢子虫（Cryptosporidium serpentis）宏基因组组装基因组（MAG）。该研究填补了爬行动物病原体基因组数据的空白，为隐孢子虫物种比较基因组分析及临床检测提供了关键资源。

　　

在爬行动物医学领域取得重要突破——科学家们首次成功解析了蛇隐孢子虫（Cryptosporidium serpentis）的完整基因组蓝图。这种顽固性原生动物寄生虫以蛇类为主要宿主，能引发慢性胃部感染，导致食欲减退、嗜睡甚至死亡。

研究团队采用创新性的宏基因组技术路线，对佛罗里达中部动物园提供的东部靛蓝蛇胃灌洗样本展开深度分析。通过Illumina NovaSeq X平台产生近1.75亿条150bp读长的测序数据，结合严格的生物信息学流程：先用宿主基因组（GCA_043091225.1）过滤蛇源序列，再通过Kraken2筛选出97.6万条隐孢子虫特异序列。

最终获得的宏基因组组装基因组（MAG）展现出优异质量指标：6.67Mbp总长度、20.53×测序深度、N₅₀达1.8kbp，BUSCO评估显示其基因组完整性高达84.8%。特别值得注意的是，研究人员首次在该基因组中鉴定出25条端粒序列（13条正向，12条反向），GC含量为29.8%，这些特征为后续比较基因组学研究提供了重要参考。

这项突破性工作不仅建立了首个蛇源隐孢子虫基因组数据库，更为开发特异性分子检测方法奠定了基石，对爬行动物传染病的防控具有重要临床价值。