牛呼吸道疾病相关巴斯德菌科基因组测序及耐药机制研究

来自加拿大的研究人员针对牛呼吸道疾病(BRD)这一导致肉牛饲养场重大损失的疾病，开展了巴斯德菌科病原体基因组测序研究。团队成功获得了Histophilus somni、Mannheimia haemolytica和Pasteurella multocida三种病原体的闭合环状基因组序列，并鉴定出多个抗生素耐药基因(ARGs)，特别是发现H. somni CCR1菌株携带floR、msrE等9种ARGs。该研究为深入理解BRD发病机制及开发防控策略提供了重要基因组资源。

　　

在肉牛饲养场，牛呼吸道疾病(BRD)已成为导致动物治疗需求和死亡的首要原因。这项研究聚焦于三种与BRD密切相关的巴斯德菌科(Pasteurellaceae)机会性病原体：睡眠嗜组织菌(Histophilus somni)、溶血曼氏菌(Mannheimia haemolytica)和多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida)。

研究团队从加拿大阿尔伯塔省饲养场采集样本，通过深度鼻咽拭子(DNS)和尸检肺组织分离获得7株菌株。采用含5%绵羊血的TSB培养基(添加15 μg/mL杆菌肽)进行培养，37°C、5% CO₂条件下培养。引人注目的是，H. somni需要在补充5%马血清的TSB中缺氧培养。

基因组测序采用PacBio Sequel IIe平台，使用Flye软件(v.2.9.5-b1801)进行组装。其中CCR5菌株的组装颇具挑战性——研究人员成功将含有48.7 kb噬菌体序列的contig与2.4 Mb主contig通过19.8 kb和16.8 kb同源区进行合并。通过NCBI原核基因组注释流程和综合抗生素耐药数据库(CARD)分析，发现H. somni CCR1携带9个ARGs，包括对常用预防性抗生素产生耐药的floR、msrE、mphE和tet(H)基因。

测序数据显示，H. somni CCR1基因组大小2.27 Mbp，GC含量38%，编码2,020个蛋白基因；而M. haemolytica和P. multocida的基因组分别约为2.7 Mbp和2.5 Mbp，GC含量41%和40%。所有菌株的测序覆盖度均超过200×，其中P. multocida CCR5达到431×。这项研究为理解BRD病原体的分子特征和耐药机制提供了重要基础数据。