日本牛源无绿藻(Prototheca bovis)P18株基因组测序及其作为乳腺炎病原体的比较基因组学分析

来自日本的研究团队针对难治性牛乳腺炎病原体——无绿藻(Prototheca bovis)，采用PacBio Revio平台完成P18株高质量基因组测序。该研究通过HiFi长读长测序技术获得包含14条染色体的基因组草图，与参考菌株SAG2021的ANI达99.4%，为阐明该病原体致病机制提供了重要分子基础。

　　

在潮湿富有机质环境中滋生的无绿藻属(Prototheca)微生物，作为失去光合能力的单细胞藻类(Trebouxiophyceae, Chlorophyta)，已成为畜牧业重要病原体。其中牛无绿藻(P. bovis)引发的乳腺炎治疗困难，给全球乳业造成重大经济损失。

科研人员从日本北海道奶牛乳腺炎样本中分离获得P18菌株，运用革命性的单分子实时测序技术(SMRT)：通过PacBio Revio平台产生7,755bp平均读长的HiFi reads，采用Canu和HiFiasm软件组装获得27个染色体contigs。有趣的是，通过端粒识别技术(tidk)发现其中7个contigs两端均含端粒序列，提示该菌株可能具有14条线性染色体。

基因组特征显示：线粒体(AP038925)和质体(AP038924)基因组均完成环化，GC含量分别为28.71%和26.81%。染色体组总长27.2Mb，GC含量高达73.58%，预测编码4,725个CDS。与德国保藏的参考菌株SAG2021(GCA_003612995.1)相比，两者平均核苷酸相似性(ANI)超过99.4%，证实了该病原体的基因组保守性。

这项研究不仅提供了日本本土分离株的首个基因组参考，其采用的第三代测序策略更为解析无绿藻耐药机制和宿主适应性的分子基础开辟了新途径。测序数据已存入NCBI数据库(登录号BAAGFD010000001-BAAGFD010000027)，为后续比较基因组学和功能研究奠定基础。