综述：递归剪接——巨型基因组中内含子切除的未探索机制

这篇综述系统阐述了递归剪接（recursive splicing）作为内含子（intron）多步切除的新机制，通过RNA-seq"锯齿状"读深模式、RNA套索测序（lariat sequencing）等技术在果蝇、人类和小鼠中的研究发现：该机制能提升长内含子的剪接精确度，并暗示其在克服蝾螈、肺鱼等巨型基因组（gigantic genomes）中超长内含子（50倍于常规）对转录效率限制的潜在价值。

　　

Abstract

前体mRNA（pre-mRNA）剪接是基因表达的核心环节。传统观点认为内含子通过单步反应被剪接体（spliceosome）切除，但近年发现的递归剪接（recursive splicing）机制揭示了更复杂的多步骤过程：剪接体通过识别递归剪接位点（recursive splice sites），将内含子分段切除。每次切除后，下游内含子片段会与上游外显子（exon）重新连接，形成瞬态中间产物。

检测方法与特征

RNA-seq分析中，该过程会产生标志性的"锯齿状"读深模式——读深峰值对应部分剪接产物中外显子-内含子连接位点。RNA套索测序和单细胞实时成像技术进一步验证了该现象。在果蝇、人类和小鼠中的研究表明：递归剪接发生率与内含子长度呈正相关，且显著提升长内含子（>10kb）的剪接保真度。

巨型基因组的启示

当前模型生物的基因组规模（通常<3Gb）难以反映生命多样性。蝾螈和肺鱼等生物拥有超巨型基因组（可达100Gb），其内含子长度可达常规生物的50倍。这种极端情形下，递归剪接可能通过"分而治之"策略解决超长转录本的处理难题。未来研究若聚焦这些特殊物种，将揭示该机制在维持超大基因组转录效率中的进化意义，并为基因治疗中长片段插入的剪接优化提供新思路。