女性泌尿生殖道来源的咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)基因组特征解析及比较基因组学研究

来自芝加哥洛约拉大学的研究团队针对女性泌尿生殖道分离的咽峡炎链球菌(S. anginosus)菌株展开基因组学研究。通过混合组装技术获得3个完整和6个草图基因组，揭示该部位菌株具有独特的基因组特征，为泌尿生殖道微生物组研究提供重要数据支撑。

　　

咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)作为人体多部位定植的共生菌，其泌尿生殖道分离株的基因组特征一直未明。最新研究对9株女性来源菌株（4株尿液、4株阴道拭子和1株会阴拭子）进行深度基因组解析，采用创新的混合测序策略——结合Illumina短读长(2×150 bp)和牛津纳米孔(Oxford Nanopore)长读长技术，N50读长达到4,477-6,461 bp。

通过BV-BRC平台(v3.36.16.5)进行混合组装(Hybrid assembly)，运用Unicycler(v0.4.8)整合数据，并经过racon(v1.4.20)和pilon(v1.23)多轮抛光。最终获得3个完成图（CP186002.1等）和6个草图基因组，GC含量稳定在38.38%-39.16%，覆盖深度达131-174X。特别值得注意的是，菌株UMB6808中鉴定出两个质粒，其中Contig_5与已知质粒CP118037.1呈现100%序列一致性。

这些菌株分离自IRB批准的临床研究，采用增强定量尿培养法(eQUC)获得。全基因组比对显示，泌尿生殖道分离株与其他解剖部位菌株存在显著遗传差异。该研究不仅扩充了公共数据库资源（所有数据已存入NCBI SRA和GenBank），更通过纳米孔测序技术突破传统草案基因组的局限，为理解链球菌在女性泌尿生殖道的适应性进化提供分子基础。

研究团队特别致谢样本捐赠者和临床协作组成员。值得一提的是，部分工作由本科生通过课程研究项目完成，体现了研究型教学的创新实践。这些高质量基因组数据将助力后续毒力因子挖掘和微生物组生态研究。