口腔共生菌 Actinomyces oris MG-1 完整基因组测序：揭示牙菌斑形成的关键分子机制

来自美国国立牙科与颅面研究所（NIDCR）支持的研究团队，通过Illumina和Oxford Nanopore（ONT）混合测序技术，首次解析了牙菌斑关键早期定植菌Actinomyces oris MG-1的完整基因组（3,042,829 bp环状染色体）。该研究填补了现有485条contigs草图基因组的缺陷，为探究菌毛（fimbriae）结构与共聚集（coaggregation）机制提供精准分子图谱，对口腔微生物组生态研究具有里程碑意义。

　　

作为口腔生物膜中的"先锋定植者"，黏性放线菌（Actinomyces oris）凭借其表面菌毛（fimbriae）结构，在牙菌斑形成过程中扮演核心角色。研究团队以ATCC保藏菌株MG-1（原编号#43146）为模型，采用革命性的混合测序策略：Illumina NovaSeq X Plus平台产生887 Mbp短读长数据（2×151 bp，Q30质量值），配合Oxford Nanopore GridION平台获取907 Mbp长读长数据（N50 8,690 bp）。通过Flye算法组装出完美闭环的3.04 Mb染色体（GC含量68.47%），经Circlator验证实现零缺口（0 Ns/100 kbp）。

基因组注释揭示2,446个蛋白编码基因、51个tRNA和9个rRNA，特别聚焦于编码菌毛的关键基因簇。该完整基因组不仅修正了早期分类学争议（曾用名A. viscosus和A. naeslundii），更建立起研究口腔共生菌与具核梭杆菌（Fusobacterium nucleatum）互作的黄金标准。冷冻甘油保藏菌株在含5% CO₂的心浸液琼脂上复苏后，采用ZymoBIOMICS DNA试剂盒提取的高纯度DNA，经PGAP流程注释后，为微生物粘附机制研究开辟了新维度。