低体积呼吸道样本病毒组特征分析：优化鸡群病毒生态学研究方法

这篇研究通过比较五种病毒纯化方法（包括直接核酸提取、DNase预处理、超速离心及蔗糖垫超速离心结合DNase处理等），评估了肉鸡呼吸道样本中病毒基因组回收效率。最佳方法（M5）可高效回收HSV-2（44%）、禽内源性逆转录病毒EAV-HP（32%）等病毒序列，为禽类病毒生态学（virome ecology）和病毒组学（metagenomics）研究提供了标准化方案。

　　

Highlight

样本采集与处理

从巴西圣卡塔琳娜州出现呼吸道症状（打喷嚏、喘息等）的肉鸡群中采集气管拭子，每群10份混合后加入HSV-2和鼠诺如病毒(MNV-1)作为内参。样本经离心（2,000 × g/30分钟）、0.45 μm过滤后，分别用五种方法纯化：M1直接核酸提取；M2 DNase预处理；M3超速离心（100,000 × g/3小时/4°C）；M4蔗糖垫超速离心；M5蔗糖垫离心+DNase处理。所有提取均使用RNeasy Mini试剂盒，经逆转录后通过MiSeq测序。

序列数据概览与五种纯化方法的比较分析

病毒宏基因组学（viral metagenomics）揭示，M5表现最优：病毒序列总回收率9.32%，其中HSV-2（44%）、EAV-HP（32%）、ALV（8%）和禽回转病毒2型(AGV-2)（7%）。超速离心结合DNase处理能有效去除宿主核酸干扰，显著提升低丰度病毒检出率。

结论

本研究为禽类呼吸道病毒组研究建立了金标准——蔗糖垫超速离心联合DNase处理（M5），不仅优化了病毒粒子富集流程，更为理解家禽病毒生态学（如AGV-2、ALV等免疫抑制病毒）提供了关键技术支撑。