分子胶降解剂调控CRISPR-Cas9基因编辑:一种可逆、精准控制的人类细胞基因组编辑新策略

【字体: 时间:2025年08月04日 来源:Molecular Therapy Nucleic Acids 6.1

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  本研究针对CRISPR-Cas9基因编辑系统中持续活性导致的脱靶效应和细胞毒性问题,开发了基于FDA批准药物泊马度胺(POM)诱导降解的Cas9-degron(Cas9-d)系统。威斯康星大学麦迪逊分校团队通过将IKZF3降解域与Cas9融合,实现了4小时内Cas9蛋白水平降低3-5倍、编辑效率可逆调控,并在肝细胞、iPSC神经元等多种人类细胞中验证了系统的有效性和安全性。该研究为基因治疗和实验室研究提供了时空精准控制的编辑工具,相关成果发表于《Molecular Therapy Nucleic Acids》。

  

基因编辑技术CRISPR-Cas9如同一把分子剪刀,为遗传疾病治疗带来革命性希望。然而这把剪刀一旦激活就难以控制——持续表达的Cas9蛋白会导致脱靶编辑、染色体异常等"剪过头"问题,严重制约其临床应用。特别是在神经退行性疾病和肝脏遗传病的治疗中,如何实现编辑活动的精准开关成为领域内亟待解决的"刹车难题"。

威斯康星大学麦迪逊分校(University of Wisconsin-Madison)的生物医学工程团队独辟蹊径,从抗癌药物作用机制中获得灵感。他们发现FDA已批准的免疫调节药物泊马度胺(POM)能像"分子胶水"般特异性地标记靶蛋白降解,于是巧妙地将来自转录因子IKZF3的25个氨基酸降解域与Cas9融合,构建出可药物调控的Cas9-degron(Cas9-d)系统。这项突破性研究发表在《Molecular Therapy Nucleic Acids》,为基因编辑装上了可调节的"定时开关"。

研究采用四种关键技术方法:1) 将IKZF3锌指结构域与Cas9C端融合构建降解系统;2) 使用慢病毒载体在HEK293T、iPSC等多种细胞中稳定表达;3) 通过Western blot定量分析POM诱导的Cas9降解动力学;4) 采用高通量电生理检测评估编辑后神经元功能。特别选用人源iPSC分化的GABA能神经元和肝癌细胞系验证临床相关性。

Cas9-d设计

研究人员设计了单降解域(Cas9-1d)和双降解域(Cas9-d)两种构型。Western blot显示双降解域版本半衰期缩短至7.31小时,比天然Cas9核糖核蛋白复合物的20小时显著降低。25μM POM处理96小时后,Cas9蛋白水平下降71%,且这种抑制在撤药24小时内可逆恢复。

Cas9-d保持靶向编辑效率

在AAVS1安全港位点的编辑实验中,未加POM时Cas9-d的indel频率达43.7±2.63%,与野生型Cas9(47.2±1.13%)相当。POM诱导后编辑效率下降5倍至8.27±0.159%,且缺失谱向较短缺失偏移,显示降解系统不影响编辑精度。

诱导降解后的脱靶事件评估

在hPSC中使用易脱靶的VEGFA sgRNA验证时,POM处理使靶位点编辑从9.31±1.23%降至2.80±0.876%,三个主要脱靶位点也呈现相似抑制趋势,证实降解系统可全面降低非特异性编辑风险。

临床相关细胞中的效率

在肝细胞系HepG2和Huh7中靶向PCSK9基因时,100μM POM使编辑效率降低3倍;撤药5天后编辑活性完全恢复。在阿尔茨海默病相关APP基因编辑的iPSC神经元中,10μM POM使编辑效率下降9.3倍至2.61±0.152%,且电生理检测显示处理组神经元钾电流幅值无显著差异,证实系统安全性。

这项研究开创性地将临床药物调控机制与基因编辑技术结合,解决了CRISPR-Cas9应用的重大瓶颈。其创新性体现在三方面:1) 利用已获批的POM实现临床转化友好的调控;2) 仅25个氨基酸的降解域设计确保AAV等载体的高效递送;3) 在神经元等难转染细胞中验证普适性。特别值得注意的是,系统对DNA修复途径的影响呈现剂量依赖性调控——高剂量POM使神经元中MMEJ(微同源介导末端连接)修复占比从4%降至1%,为研究DNA损伤响应机制提供了新工具。

尽管存在约20%的残余Cas9蛋白无法完全清除,研究者指出这源于持续转录与降解的动态平衡。未来通过启动子优化或与光控、分裂Cas9系统联用,有望实现更精准的时空调控。该技术不仅适用于核酸酶,还可拓展至碱基编辑器(BE)和表观遗传编辑器(EP),为基因治疗提供模块化调控平台。正如作者强调,这种"分子胶"策略为CRISPR技术从实验室走向临床铺平了道路,特别是在需要精细调控的神经系统疾病和肝脏代谢病治疗中展现巨大潜力。

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