林奈革命：自然系统分类学的历史演进与范式转换

这篇综述系统梳理了从林奈(Linnaeus)时代到现代DNA分类学的自然系统(NS)发展史，聚焦被子植物分类学。文章通过四部分结构：第一部分确立进化本体论框架，强调信息流方法对理解进化树构建的关键作用；第二部分详述1730年至今NS的里程碑，包括林奈的发现式分类理念、阿丹松(Adanson)的多特征分析、亨尼希(Hennig)的支序系统学革命；第三部分纠正对林奈"本质主义"的误解；最后探讨分子系统学带来的概率化重建方法。全文以分支系统学视角审视历史进展，揭示了分类学从形态相似性到谱系关系的认知跃迁。

　　

设置舞台：分类学的哲学基础

进化本体论框架提出信息流方法优于传统机体论视角，强调系统发育树应作现实主义解读。分类单元（包括物种）本质上是模式（分支）的体现，所有分类阶元具有同等本体论地位。判断自然系统的标准包括：接受包含性等级结构、反对类型学/目的论、摒弃自然阶梯(scala naturae)观念。

自然系统的历史征程

1730年林奈手稿《植物学基础》首次提出自然系统构想，其性系统(SS)虽为人工分类，但确立了"属"作为基本自然单元的理念。林奈突破性地主张分类是发现而非定义的过程，反对经院哲学的"逻辑划分"法。1751年《植物哲学》强调"特征不构成属，而是识别属的手段"，这一思想预示了后来"个体性论点"的雏形。

阿丹松1763年提出基于65个性状系统的量化分析，但其"全面考虑所有特征"的操作定义受到康多尔(Candolle)批评。朱西厄(Jussieu)家族发展出更接近现代的系统，而布丰(Buffon)的退化理论和拉马克(Lamarck)的线性进化观则体现了自然阶梯思想的延续。

林奈思想再审视

20世纪后期对林奈"本质主义"的指控被证明是误解。林奈明确反对逻辑划分，其分类实践显示：属可包含不同雄蕊数的物种(如缬草属Valeriana)，种下分类单元处理体现进化思想("时间之女"表述)。他提出的皮层-髓质杂交理论虽荒诞，却是首个用共同祖先解释分类阶层的尝试。

现代系统发育学的曙光

亨尼希1950年提出共衍征概念，将形态相似性转化为谱系关系证据。DNA测序技术实现了系统发育重建的概率化方法，使分类学真正进入"发现自然系统"的新纪元。信息流视角下，进化单位被重新定义为整合的复制子连续体(bions)，解决了传统物种概念在分支事件中的逻辑困境。

方法论启示

分类学历史表明：1) 自然系统是客观存在而非人为构建；2) 阶元划分具有任意性；3) 名称与概念必须严格区分。当代APG系统证实了林奈的预见——自然系统的完善需要跨代努力。正如林奈在《植物哲学》结语所强调："自然科学真理必须通过观察来证实"，这一实证精神始终指引着分类学的发展。