雏鸡来源对有机肉鸡场引入多重耐药和超广谱β-内酰胺酶肠杆菌科细菌的影响机制研究

德国联邦风险评估研究所团队针对有机肉鸡生产中多重耐药(MDR)和产超广谱β-内酰胺酶(ESBL)肠杆菌科的来源问题，通过四批次纵向研究揭示雏鸡来源是耐药菌引入的关键途径，发现ST307型肺炎克雷伯菌(ESBL)和ST162型大肠埃希菌(MDR)的克隆传播，为有机养殖链的耐药防控提供重要依据。

　　

在有机畜禽养殖日益受到关注的背景下，耐药菌的传播问题却成为制约其可持续发展的隐忧。尽管有机肉鸡生产严格限制抗生素使用，但多重耐药(MDR)和产超广谱β-内酰胺酶(ESBL)的肠杆菌科细菌仍频繁检出，这些"超级细菌"的来源始终成谜。更令人担忧的是，既往研究多集中于常规养殖体系，对有机生产链中耐药菌的传播机制知之甚少。

德国联邦风险评估研究所（German Federal Institute for Risk Assessment）的研究团队开展了一项突破性研究。通过对德国某有机肉鸡场连续四批鸡群的纵向监测，首次系统揭示了雏鸡来源在耐药菌传播中的关键作用。该研究发表在微生物学领域权威期刊《Microbiological Research》上，为有机养殖业的生物安全防控提供了重要科学依据。

研究人员采用多组学技术开展系统研究：通过选择性培养基分离大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌；应用微量肉汤稀释法进行药敏试验；采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因组测序(WGS)分析克隆关系；结合牛津纳米孔技术(ONT)解析质粒结构；通过滤膜接合实验评估质粒转移效率。

研究结果呈现三大重要发现：

1. 雏鸡来源决定耐药谱特征

   前三批来自同一孵化场的雏鸡中，37.8%大肠埃希菌呈现MDR表型，73.3%样本检出ESBL阳性肺炎克雷伯菌。而更换孵化场后，第四批鸡群中66.7%大肠埃希菌和100%肺炎克雷伯菌完全敏感。

2. 克隆传播与水平转移并存

   全基因组分析揭示ST307型肺炎克雷伯菌(ESBL)和ST162型大肠埃希菌(MDR)的克隆传播。同时发现IncFIB/IncFII型质粒pEcEP15-1在ST162与ST7670菌株间的水平转移，该质粒携带8种耐药基因和多种毒力因子。

3. 高风险克隆的潜在威胁

   ST307被确认为人类医学中的高风险克隆，其携带的pKpEP15-A质粒与临床分离株KY271404.1高度相似(99.98%)，且含有金属耐药基因和代谢相关基因簇，显示强大的环境适应力。

这项研究首次明确有机肉鸡生产中耐药菌的主要引入途径，揭示ST307和ST162等克隆菌株的传播风险。特别值得注意的是，研究通过"自然实验"证明更换孵化场可显著降低耐药菌负荷，这为制定针对性的防控策略提供了直接证据。

从更广阔的视角看，该研究填补了有机养殖体系耐药性研究的空白，其发现的耐药质粒在肠杆菌科间的传播机制，对理解耐药基因在"One Health"框架下的跨物种传播具有重要启示。未来需要进一步开展有机种鸡场和孵化场的耐药菌监测，从源头阻断耐药菌的传播链条，保障有机禽肉产品的生物安全。