非洲地区首例疟原虫SSU rRNA基因变异导致巢式PCR扩增效率降低的病例报告

本研究报道了一例来自非洲的日本患者感染携带SSU rRNA基因变异的疟原虫（Plasmodium malariae）病例，通过显微镜检查、巢式PCR（nested PCR）和细胞色素b（cytochrome b）基因测序证实，该变异株在物种特异性引物结合区存在4个碱基缺失，导致巢式PCR二级扩增效率显著降低。这一发现揭示了当前基于SSU rRNA的分子诊断技术存在潜在漏检风险，强调了基因测序验证对疟原虫变异株监测的重要性，为热带病精准诊断提供了关键案例依据。

　　

在热带医学领域，疟原虫的精准分型始终是防控工作的核心挑战。传统显微镜检查虽能观察到特征性的"带状滋养体"，但2004年马来西亚曾发生将恶性疟原虫（P. knowlesi）误判为三日疟原虫（P. malariae）的教训，凸显了形态学鉴定的局限性。更棘手的是，随着人畜共患疟原虫在非洲灵长类动物中的发现，基因变异株的跨物种传播风险正在悄然升级。

日本国立国际医疗研究中心的研究团队在《Tropical Medicine and Health》发表了一项警示性发现：一名从塞拉利昂归国的56岁男性患者，其感染的P. malariae株系表现出反常的巢式PCR扩增模式——使用物种特异性引物的二级PCR条带反而比通用引物的初级PCR更微弱。通过SSU rRNA（小亚基核糖体RNA）全序列分析，研究人员在GenBank登录号LC859598的序列中锁定关键变异：位于物种特异性反向引物结合区的4个碱基（ATAT）缺失。这一变异虽未完全阻断扩增，但显著降低了检测灵敏度。而细胞色素b基因（登录号LC859864）的100%同源性验证，则排除了其他疟原虫种属的可能性。

关键技术方法包括：1）基于Giemsa染色的薄血涂片镜检确定寄生虫形态；2）使用通用引物（P1/P2）和物种特异性引物的巢式PCR检测；3）SSU rRNA（317bp）和细胞色素b（357bp）基因测序；4）与国际数据库（如NCBI）中P. malariae参考序列（XR_003751927.1和LT594637.1）的比对分析。

案例特征

患者呈现典型的四日热型体温波动，外周血涂片显示0.059%感染率（27.8×10²/μL）的带状滋养体。值得注意的是，快速诊断试纸（BinaxNow Malaria）仅提示非恶性疟感染，凸显了混合感染筛查的复杂性。

分子诊断异常

巢式PCR结果打破常规认知：初级扩增产物（约372bp）条带强度反常地超过二级扩增产物。序列比对揭示，变异区域恰好位于Kimura等人1997年设计的物种特异性引物结合位点，这种"引物结合障碍"现象在巴西（KJ619942.1）和缅甸（AF487999.1）分离株中也有迹可循。

进化溯源启示

细胞色素b基因的绝对保守性表明，SSU rRNA变异属于区域性基因多态性而非新发种系。但值得警惕的是，该变异株可能已在人-非人灵长类宿主间形成跨物种传播循环，这与Plenderleith等2022年在《自然·通讯》报道的非洲猿类疟原虫人畜共患病风险相呼应。

这项研究为热带传染病监测敲响警钟：当巢式PCR出现异常条带模式时，应结合多基因位点测序验证。目前全球疟疾分子监测网络主要依赖标准化引物，该案例揭示的"引物逃逸"变异可能仅是冰山一角。研究者建议建立SSU rRNA变异数据库，并开发针对保守区（如细胞色素b）的补充检测方案，以应对日益复杂的疟原虫基因多样性挑战。随着国际旅行和生态接触增加，这类诊断"盲区"变异株的早期识别，将成为遏制热带病跨境传播的关键防线。