在自然感染牛群的环境中检测牛冠状病毒的分子方法

《Tropical Animal Health and Production》：Molecular detection of bovine coronavirus in the environment of a naturally infected dairy cattle herd

牛冠状病毒（BCoV）在奶牛场环境及动物中的分布与分子特征研究。采集61份样本（37份环境表面及13份粪便、11份鼻腔分泌物），半嵌套RT-PCR检测显示环境表面阳性率27%，粪便46.1%，鼻腔36.4%。N基因和S1基因序列分析表明不同来源BCoV高度相似（N基因100%，S1基因99.7-99.8%），与巴西本土分离株亲缘关系更近。研究证实BCoV广泛存在于奶牛场环境及宿主体内，遗传差异较小，生物安全措施对防控犊牛腹泻和呼吸道疾病至关重要。

　　

摘要

牛冠状病毒（BCoV）会导致牛只出现新生儿腹泻和呼吸系统疾病。在奶牛场中，关于在表面和污染物上检测到BCoV的报道非常少。我们研究了之前有BCoV阳性病例的奶牛场内各种表面是否存在BCoV。共收集了61个样本，其中包括来自哺乳犊牛、断奶犊牛、小母牛和泌乳母牛饲养区的37个表面和污染物样本。还从犊牛和母牛身上收集了粪便样本（n=13）和鼻分泌物样本（n=11）。使用半嵌套RT-PCR方法对BCoV进行了分子鉴定。从三个阳性样本（环境样本、腹泻粪便和鼻分泌物）中选取了BCoV的N基因和S1基因的扩增子进行核苷酸（nt）测序分析。在27%（10/37）的环境样本中检测到了BCoV RNA，这些样本包括木质表面、混凝土和瓷砖、塑料饲料槽、饮水器和犊牛奶瓶。此外，在46.1%的粪便样本和36.4%的鼻分泌物样本中也检测到了BCoV RNA。N基因的分析显示，不同来源的菌株之间核苷酸序列具有100%的相似性，而S1基因的相似性为99.7%至99.8%。在牛只和所检测的表面上都发现了相同的BCoV菌株。这些菌株在祖先上与原型菌株不同，但与其他巴西野外菌株聚类在一起。总之，BCoV存在于奶牛体内以及所研究的奶牛场内的不同表面上。采取生物安全措施（如清洁和消毒）对于降低感染风险至关重要，尤其是对犊牛而言。