华南地区儿科患者中碳青霉烯耐药XDR Salmonella enterica的出现：基因组视角研究

本研究首次报道了中国华南地区儿科患者中社区获得性碳青霉烯耐药（CRSE）沙门氏菌感染集群，揭示了blaNDM-5基因通过IncI-γ/K1和IncHI2A质粒的水平传播机制，并发现呼吸道合胞病毒（RSV）等共感染会加剧临床严重性。通过对全球53万沙门氏菌基因组分析，证实了CRSE在35个遗传谱系中的广泛传播，为耐药监测和儿童感染防控提供了关键证据。

　　

Highlight

华南地区儿科患者中碳青霉烯耐药（CRSE）沙门氏菌的崛起：基因组视角揭示的危机与机遇

Abstract

背景与目的

碳青霉烯耐药沙门氏菌（CRSE）主要通过质粒传播，对公共卫生构成日益严重的威胁，尤其在儿科人群中。本研究调查了儿科CRSE感染集群，表征了CRSE分离株的基因组特征，评估了全球CRSE流行情况，并探索了质粒介导的水平基因转移。

方法

对18例儿科CRSE病例进行流行病学调查。基因组分析包括耐药组分析、质粒分型和系统发育聚类以评估遗传多样性。通过对530,113个沙门氏菌基因组的全球分析，鉴定了携带碳青霉烯酶的菌株。在沙门氏菌和大肠杆菌之间进行质粒转移实验以评估水平基因传播。

结果

呼吸道共感染（67%病例，主要为RSV和HPIVs）与严重临床结局相关。基因组分析显示多个遗传差异的CRSE克隆携带bla_NDM-5，主要位于IncI-γ/K1和IncHI2A质粒上。证实了碳青霉烯耐药基因在沙门氏菌和大肠杆菌之间的质粒介导转移。全球监测发现2000-2023年间35个遗传多样性种群和24个国家中存在228株碳青霉烯酶阳性沙门氏菌，表明其广泛传播。

结论

呼吸道共感染可能加剧儿童CRSE严重性，而质粒流通驱动碳青霉烯耐药传播。CRSE的高遗传多样性和全球分布凸显了对整合监测、抗菌药物管理以及针对共感染和环境储库干预措施的迫切需求。

Introduction

沙门氏菌（Salmonella enterica）是一种高度多样化的细菌物种，可引起从胃肠炎到侵袭性疾病的人类感染。其中血清型4,[5],12:i:-因能获得抗菌素耐药性（AMR）基因而成为全球关注病原体。碳青霉烯酶基因（如bla_NDM-5）的获取使沙门氏菌对包括碳青霉烯类在内的β-内酰胺类药物产生耐药性，而近期在牲畜和食品中发现的bla_NDM-5产生菌株更凸显了其社区传播风险。呼吸道病毒（如RSV）与细菌感染的相互作用可能通过调节宿主免疫加重病情，这在AMR高负担地区的儿童群体中尤需关注。

Emergence of Carbapenem-Resistant S. enterica

2013-2023年间华南地区未检出CRSE，但2023年中在中山市人民医院发现2例住院患儿感染，后续调查共确诊18例儿科病例（中位年龄16.5个月）。14例集中在中山市的时间聚类提示潜在共同暴露源。

Discussion

我们首次揭示了中国社区获得性CRSE的流行特征，强调呼吸道病毒共感染、AMR和质粒转移的三重威胁。bla_NDM-5在IncI-γ质粒上的高频检出提示需监测食品动物耐药基因库。研究局限性包括样本量较小，但通过全球基因组比对强化了结论可靠性。

Conclusion

本研究为CRSE的传播动力学和临床管理提供了新见解，呼吁建立跨部门监测网络并开发针对质粒传播的干预策略。