巨型砗磲微生物组揭示珊瑚礁环境压力下全生物（holobiont）的韧性机制

这篇研究通过16S rRNA代谢条形码技术，系统分析了钻孔砗磲（Tridacna crocea）组织特异性微生物组及其在黑暗诱导白化（dark-induced bleaching）下的动态变化。研究发现Endozoicomonas在鳃等组织中占主导地位，而外套膜富含类胡萝卜素产生菌（如Rubritalea和Muricauda），这些细菌可能通过抗氧化机制增强共生藻对环境胁迫的抵抗力。尽管白化显著降低了共生藻密度，但细菌多样性保持稳定，揭示了微生物组在全生物韧性中的关键作用。

　　

组织特异性微生物组揭示砗磲全生物分区特征

通过分析钻孔砗磲（Tridacna crocea）六个组织的细菌群落，研究发现Endozoicomonas在鳃、肝胰腺等组织中占比超90%，尤其鳃部几乎被其垄断（99.6%-100%）。外套膜则表现出更高多样性，其中Rubritaleaceae（7.0%）和Flavobacteriaceae（含Muricauda 2.4%）显著富集。系统发育分析显示，优势Endozoicomonas ASVs与珊瑚共生菌E. elysicola亲缘相近，暗示跨宿主类群的保守关联。值得注意的是，足部外套膜以Reinekea（37.2%）为特征，可能与宿主分泌的几丁质降解有关。

黑暗诱导白化实验揭示微生物组稳定性

通过持续黑暗处理2-3个月，砗磲外套膜共生藻（Symbiodiniaceae）密度下降52.2%-95.6%，但细菌α多样性（Shannon指数）和β多样性（Bray-Curtis距离）无显著变化。LEfSe分析发现Kiloniellales在白化组中持续增加，推测其反硝化功能可能响应藻类氮同化减少。而类胡萝卜素产生菌Rubritalea和Muricauda的相对丰度保持稳定，暗示它们可能定植于宿主上皮细胞而非仅依附藻体表面。

类胡萝卜素产生菌的生态功能猜想

外套膜中富集的Rubritalea和Muricauda分别属于已知产 squalene（强抗氧化剂）和玉米黄质（zeaxanthin）的菌株。这些色素能通过淬灭活性氧（ROS）和耗散过剩光能（xanthophyll循环）保护共生藻免受光损伤。尽管白化导致藻体流失，这些细菌仍持续存在，支持其可能通过宿主-微生物直接互作（如上皮定植）维持全生物稳态的假说。

跨地域保守的Endozoicomonas共生模式

来自宫古岛与石垣岛的样本均携带高度相似的Endozoicomonas基因型（ASV4/5和ASV12-18），其16S rRNA序列相似度达98%以上。这类菌在鳃部的绝对优势（100%检出）提示其可能通过水平传播（如从海水）获取，并受宿主选择性维持。比较基因组学显示，砗磲与珊瑚的Endozoicomonas可能共享功能冗余的代谢通路（如氮硫循环），但宿主特异性仍需验证。

研究启示与未来方向

该研究首次揭示砗磲不同组织的微生物组分区特征，提出类胡萝卜素产生菌通过"藻-菌互作"和"宿主-菌互作"双途径增强环境适应力的模型。未来需结合荧光原位杂交（FISH）定位细菌分布，并探究高温等胁迫下这些菌群的功能响应，为珊瑚礁生态保护提供微生物调控新策略。