基于蓝环蛇（Bungarus caeruleus）蛋白质组学的抗菌肽计算机设计：靶向结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）的乙胺丁醇耐药性调节因子

《ChemistrySelect》：In Silico Design of Antimicrobial Peptides from Bungarus caeruleus Proteome Targeting Ethionamide Resistance Regulator of Mycobacterium tuberculosis

抗结核肽筛选及相互作用研究显示，基于Bungarus caeruleus虚拟消化的11个候选肽中，HGATVAVKQVNRCSKNHL对EthR的对接结合能达-9.3 kcal/mol，显著优于异烟肼（-5.69 kcal/mol），且分子动力学模拟显示复合物结构稳定。

　　

图形摘要

通过计算机模拟消化和筛选，获得了11种具有抗菌潜力的肽段，其中HGATVAVKQVNRCSKNHL对EthR的结合亲和力最高。对接和分子动力学（MD）模拟证实了它们之间的稳定相互作用，其结合能（-9.3 kcal/mol）优于异烟肼（-5.69 kcal/mol）。稳定性分析表明该复合物在200纳秒内的结构保持稳定。MMPBSA结果显示，该肽段的结合能（-36.15 kcal/mol）显著高于异烟肼（-6.95 kcal/mol）。

摘要

使用五种酶对Bungarus caeruleus的蛋白质组进行计算机模拟消化后，获得了1000多种较短的肽段。随后，通过DBAASP服务器预测出具有抗菌活性的肽段。根据多种理化性质（包括稳定性、半衰期和ADMET），选取了11种肽段进行分子对接研究。使用HADDOCK服务器对Ethionamide抗性调节因子（EthR）与这些肽段进行了对接实验，结果发现HGATVAVKQVNRCSKNHL肽段与EthR的结合亲和力最强。结合能评分为-9.3 kcal/mol，而标准药物异烟肼的结合能为-5.69 kcal/mol（通过PRODIGY服务器分析得出）。在Gromacs-2023.1进行的200纳秒分子动力学模拟中，该复合物的结构和相互作用保持稳定。复合物的稳定性通过均方根偏差（RMSD）、均方根波动（RMSF）、回转半径、氢键以及SASA等参数进行了评估。MMPBSA分析表明，EthR与这两种肽段的相互作用自由能分别为-36.15 kcal/mol和-6.95 kcal/mol。

利益冲突

作者声明不存在利益冲突。