多组学解析转移性结直肠癌的转录调控网络与免疫抑制特征：聚焦p-RPS6的关键作用

本研究针对转移性结直肠癌（mCRC）的驱动机制展开多组学探索。研究人员通过全外显子测序（WES）、转录组学和磷酸化蛋白质组学技术，系统分析了mCRC患者的肿瘤样本，首次构建了由16个枢纽基因组成的转录网络，揭示了细胞黏附分子（SELE/SELL/SELP）失调与免疫耗竭（CXCR2/CXCL11等）的特征，并发现磷酸化核糖体蛋白S6（p-RPS6）在mCRC中显著高表达且与上皮-间质转化（EMT）正相关。该研究为mCRC的早期干预提供了新靶点，发表于《Cancer Cell International》。

　　

结直肠癌（CRC）是全球最致命的恶性肿瘤之一，其转移性阶段（mCRC）患者的5年生存率仅为11-15%，远低于早期患者。尽管癌症基因组图谱（TCGA）等研究已对CRC进行了分子分型，但针对mCRC特异性驱动因素的认知仍存在显著空白。传统观点认为转移是晚期事件，但新证据表明转移可能始于肿瘤发展早期，这使得揭示mCRC的分子特征成为临床干预的关键。

上海交通大学医学院附属瑞金医院普通外科的研究团队通过整合多组学技术，对mCRC的生物学特征进行了系统性解密。研究收集了8例mCRC和10例非转移性CRC（nmCRC）患者的冷冻肿瘤组织进行蛋白质组分析，另取8例mCRC和8例nmCRC患者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织进行转录组和全外显子测序。通过分子复合物检测（MCODE）构建核心网络，结合KEGG和GO通路富集分析，并采用免疫组化（IHC）验证p-RPS6的表达特征。

关键技术方法包括：1）全外显子测序检测突变负荷和特征；2）转录组差异表达基因（DEGs）分析；3）TMT标记的蛋白质组和磷酸化蛋白质组学；4）STRING数据库构建蛋白互作网络；5）TCGA-COAD队列数据验证；6）免疫微环境分析（MCPcounter/IOBR）。

突变特征揭示非驱动性基因组改变

WES分析显示mCRC与nmCRC肿瘤组织的突变负荷无显著差异（23.08突变/Mb，p=0.57），同源重组修复（HRR）和错配修复（MMR）相关基因突变频率相似。所有mCRC样本均存在RTK-RAS、NOTCH和WNT通路突变，其中RTK-RAS通路突变占比最高（图1G-H）。

转录网络揭示双重特征

通过6例mCRC与7例正常组织的对比，鉴定出696个DEGs（493下调/203上调）。MCODE分析发现16个枢纽基因构成的核心网络，包括：

• 黏附失调：SELE/SELL/SELP表达降低，与EMT标志物（CDH2/MMP9等）显著相关（图3B）。生存分析显示SELP高表达患者预后更差（HR=1.23，p=0.041）。

• 免疫耗竭：CXCR2/CCR7等趋化因子受体下调，仅CXCL11上调。MCPcounter分析证实mCRC中中性粒细胞（p=0.0082）、NK细胞（p=0.0016）等免疫细胞浸润减少（图4C-F）。

磷酸化蛋白质组锁定关键靶点

在22个差异蛋白中，p-RPS6（S235/236位点）在mCRC中表达最高（FC=1.78，p<0.01）。IHC显示mCRC肿瘤组织的p-RPS6⁺细胞比例显著高于nmCRC（图6H-I）。TCGA数据分析表明RPS6高表达与CRC不良预后相关（HR=1.26，p=0.034），且p-RPS6水平与EMT蛋白（CTNNB1/MMP9）呈正相关趋势。

这项研究首次绘制了mCRC的多组学特征图谱，提出其转移特性可能由转录重编程而非基因组突变驱动。发现的p-RPS6-EMT轴和免疫耗竭特征为mCRC的早期诊断提供了分子标志物，并为联合靶向治疗（如RTK-RAS通路抑制剂与免疫调节剂）提供了理论依据。未来需扩大样本验证p-RPS6的临床转化价值，并探索其调控免疫微环境的具体机制。