基于单倍型分析的水稻厌氧萌发遗传架构解析及优势单倍型育种策略

为解决直播稻(DSR)在涝渍条件下萌发不均的难题，研究人员通过全基因组关联分析(BAAP panel)鉴定出30个QTLs及关键候选基因(BRI1、SKIPa29/SIP29、CYP51G3等)，发现优势单倍型及优异种质ARC 14950，为水稻耐厌氧萌发育种提供分子设计策略。

　　

这项研究揭示了直播稻(DSR)在淹水条件下实现均匀出苗的关键遗传机制。通过分析BAAP群体中厌氧萌发耐受性的变异特征，科研团队在全基因组范围内定位了30个控制该性状的数量性状位点(QTLs)，并锁定多个功能明确的候选基因：调控节间纵向生长的油菜素内酯受体基因BRI1(LOC_Os11g38920)、促进地上部生长的SKIPa29/SIP29蛋白编码基因(LOC_Os04g07830)、参与根系发育的细胞色素P450基因CYP51G3(LOC_Os05g12040)，以及分别影响地上部和根系生物量的MYB4P(LOC_Os11g35390)与YUCCA7(LOC_Os04g03980)。基于单核苷酸多态性(SNP)构建的单倍型分组鉴定出优势单倍型，其中种质ARC 14950表现尤为突出——在55.56%的高萌发率下，兼具8.13厘米的节间长度和10.9厘米的根系长度，为水稻耐涝育种提供了珍贵材料。这些发现为开发适应水涝环境的直播稻品种奠定了分子基础。