珊瑚源弗氏链霉菌SS162的分离鉴定及其抗副溶血弧菌活性物质基因组特征研究

研究人员从珊瑚样本中分离获得一株具有强效抗副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)活性的链霉菌SS162，通过16S rRNA分析初步鉴定为Streptomyces sp.。该菌株产生的抗菌物质在高温、极端pH、紫外照射及蛋白酶K处理下保持稳定，并能有效抑制副溶血弧菌生物膜形成。采用Nanopore测序技术获得6,778,597 bp高质量基因组草图，GC含量74.5%，含5,761个蛋白编码基因。比较基因组分析证实其为弗氏链霉菌(Streptomyces fradiae)新菌株，AntiSMASH预测含28个生物合成基因簇(BGCs)，为水产养殖中急性肝胰腺坏死病(AHPND)的生物防治提供新资源。

　　

在应对水产养殖中急性肝胰腺坏死病(AHPND)的挑战时，科学家从珊瑚样本中分离出一株编号SS162的链霉菌。通过16S rRNA基因分析，这株菌被初步归类为链霉菌属(Streptomyces sp.)。令人振奋的是，该菌株展现出对致病菌副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的特异性抗菌活性，其抗菌物质在80℃高温、pH2-12的极端环境、紫外线辐射以及蛋白酶K消化等严苛条件下依然保持稳定。更关键的是，SS162能有效破坏副溶血弧菌的生物膜形成能力，且这种抗菌特性在连续传代10次后仍未衰减。

借助纳米孔(Nanopore)测序技术，研究团队成功解析了SS162菌株6,778,597碱基对的高质量基因组草图。这个GC含量高达74.5%的基因组包含5,761个蛋白质编码基因，通过RAST系统注释显示其拥有分属24个功能类别的23个子系统。有趣的是，Orthovenn3比较基因组分析发现，SS162与模式菌株弗氏链霉菌(Streptomyces fradiae)ATCC 10475共享最多基因簇。系统发育分析最终确认SS162属于弗氏链霉菌种。

最引人注目的是，AntiSMASH软件在该基因组中识别出28个生物合成基因簇(BGCs)，其中多个基因簇可能编码产生新型次级代谢产物。这些发现不仅明确了SS162菌株的分类学地位，更揭示了其在生物防治领域的巨大应用潜力，为开发替代抗生素的水产病害防控策略提供了重要菌种资源。