肿瘤新抗原精准发现新突破：实时突变组学引导的免疫肽组学技术NeoDiscMS

本研究针对肿瘤免疫治疗中低丰度新抗原检测的难题，开发了NeoDiscMS技术。通过整合NGS（新一代测序）实时引导的质谱采集策略，实现了对HLA（人类白细胞抗原）呈递的肿瘤特异性肽段的高灵敏度检测。该方法在黑色素瘤细胞系和临床活检样本中验证显示，相比传统DDA（数据依赖性采集）技术，新抗原检测灵敏度提升20%，为个性化癌症疫苗开发提供了关键技术支撑。

肿瘤免疫治疗的疗效高度依赖于肿瘤特异性抗原的精准识别，然而现有技术面临三大瓶颈：仅1%的体细胞突变能诱导T细胞应答；高突变负荷肿瘤的候选抗原筛选困难；质谱检测受限于低丰度肽段的捕获效率。传统依赖计算预测的方法假阳性率高，而常规质谱技术难以在临床要求的短时间内完成高灵敏度检测。

瑞士洛桑大学（UNIL CHUV）肿瘤系Michal Bassani-Sternberg团队在《Nature Communications》发表的研究，开发了革命性的NeoDiscMS技术。该技术通过三个关键技术突破：1）基于NGS数据生成个性化蛋白质组参考库；2）实时突变组引导的质谱采集策略（RTS）；3）嵌合谱图解卷积算法，实现了对临床样本中低丰度新抗原的高效捕获。研究使用黑色素瘤细胞系（M11-M13）和葡萄膜黑色素瘤患者活检组织（Ti1-Ti3）验证，所有实验设置三重重复。

主要技术方法

研究采用杂交质谱采集策略：Orbitrap Eclipse质谱仪结合Easy-nLC 1200色谱系统，通过W6/32抗体富集HLA-I肽段。核心创新是实时搜索（RTS）框架：先触发侦查扫描（sMS2），通过交叉相关分数（Xcorr）和质量偏差（APPM）判断是否启动高灵敏度扫描（hMS2）。数据分析采用MSFragger-DDA+软件处理宽隔离窗口（3.2Th）数据，结合DeepLC预测保留时间。

Scalable enhanced sensitivity for targets

在RA957/JY细胞免疫肽组稀释系列实验中，1/1024稀释度下NeoDiscMS比DDA多检出24%的HLA-A*68:01限制性肽段，且重现性提高2倍。关键机制在于RTS将全局深度损失与目标灵敏度增益的比值优化至1:5.6，远优于传统iDDA的1:2。

Confident neoantigen detection

在黑色素瘤细胞系M12中，NeoDiscMS对免疫原性新抗原YPAAVNTIVAI（MCTS1^D130N衍生物）的检测PSM（肽段-谱图匹配）数达9-13个/重复，而DDA仅1-2个。hMS2扫描使匹配片段数从7个（DDA）提升至12个，光谱角从0.9299改善至0.995。

临床样本验证

10mg葡萄膜黑色素瘤活检组织的DIA-NeoDiscMS混合库搜索鉴定到10,232-13,490个免疫肽段，其中95%为HLA结合肽（%rank<2）。检出4个突变新抗原，包括3个经TIL（肿瘤浸润淋巴细胞）验证的免疫原性表位。

该研究建立了首个面向临床的个性化免疫肽组学检测标准：2周内完成从活检到靶标排序的全流程。NeoDiscMS通过三重创新设计——实时突变组引导、扫描类型动态优化、嵌合谱图解析，解决了低丰度新抗原检测的"不可能三角"（灵敏度、通量、样本量）。特别值得注意的是，该方法使排名186的低优先级新抗原YPAAVNTIVAI获得临床级验证，突破了传统疫苗仅靶向前40位预测新抗原的限制。研究提供的开源流程（https://neodisc.unil.ch/）将推动个体化癌症免疫治疗的标准化进程。