综述：蛋白质组学方法在自身免疫性疾病生物标志物发现与临床应用中的研究

这篇综述系统阐述了蛋白质组学技术在自身免疫性疾病（ADs）研究中的前沿进展，重点探讨了质谱（MS）、微阵列等技术的应用如何推动自身抗体检测、翻译后修饰（PTM）分析和多参数生物标志物面板的开发，为ADs的精准诊断、分子分型和个体化治疗提供新策略。

　　

蛋白质组学技术在自身免疫疾病研究中的突破性进展

流行病学特征与临床挑战

自身免疫性疾病（ADs）影响全球约3%人口，涵盖80余种慢性疾病。流行病学研究显示，多发性硬化症（MS）在欧洲发病率达0.8-8.7/10万，而1型糖尿病（T1D）在北美发病率高达10-20/10万。女性患病率显著高于男性，性别比例在系统性红斑狼疮（SLE）中达9:1，这种差异与X染色体失活、性激素调节等表观遗传机制密切相关。

发病机制的多维度解析

ADs的发病涉及遗传易感性（如HLA-DQ2/DQ8与乳糜泻关联）与环境触发因素（如重金属暴露激活AIM2炎症小体）的复杂交互。表观遗传调控异常尤为关键，DNA低甲基化（如SLE患者IFN调控基因位点）和组蛋白修饰失调（如RA中TNF-α启动子去甲基化）导致免疫耐受失衡。蛋白质水平的异常，特别是瓜氨酸化等翻译后修饰（PTM），通过质谱技术被证实是RA特征性标志。

诊断技术的革新

传统诊断依赖临床评估结合常规实验室检测，而现代蛋白质组学技术带来革命性改变：

• 质谱平台：LC-MS/MS技术实现从"自下而上"（bottom-up）到"自上而下"（top-down）的全谱分析，iTRAQ标记定量精度达飞摩尔级

• 微阵列技术：含2000+抗原的芯片可同时检测IgG/IgA/IgM亚型，对RA的诊断灵敏度提升至92%

• 低丰度蛋白富集：免疫亲和层析联合强阳离子交换（SCX）使检测限降低1000倍

生物标志物发现的关键策略

1. 差异表达分析：2D-DIGE技术发现RA滑膜液中钙网蛋白表达上调5.7倍

2. 修饰组学：磷酸化流式细胞术揭示STAT3^Ser727异常激活与疾病活动度相关

3. 多组学整合：SEanalysis 2.0平台构建超级增强子网络，识别出7个ADs共有调控节点

临床转化面临的挑战

技术层面存在检测动态范围受限（血清蛋白浓度跨越10¹⁰数量级）、样本预处理标准化不足等问题。临床应用中，需验证标志物组合的预测价值，如SOJIA患者血清淀粉样蛋白A（SAA）水平与治疗反应的相关性仍需大样本确认。

未来发展方向

单细胞表观蛋白质组学、人工智能辅助的模式识别系统，以及微流控芯片POCT设备将成为研究热点。特别值得关注的是，免疫检查点抑制剂（如pembrolizumab）诱发的自身免疫现象，为理解ADs机制提供了独特模型。通过整合基因组风险评分与蛋白质组特征，有望实现ADs的精准预防和个体化治疗。