综述：lncRNA中内含子保留现象的成因、影响与研究挑战

这篇综述深入探讨了长链非编码RNA（lncRNA）中内含子保留（IR）现象的调控机制与生物学意义。文章系统比较了IR在lncRNA与信使RNA（mRNA）中的差异特征，指出lncRNA因其低效剪接特性导致更高的IR发生率，并详细阐述了IR对RNA稳定性、亚细胞定位及功能的复杂影响。作者特别强调了当前研究面临的技术挑战，为探索非编码RNA调控网络提供了重要视角。

　　

Abstract

可变剪接（Alternative splicing）作为转录后调控的核心机制，通过产生多样化的转录本和蛋白质异构体参与生命活动。内含子保留（Intron Retention, IR）作为特殊剪接形式，能使成熟RNA保留内含子序列，显著影响RNA的稳定性、定位及功能。尽管IR研究尚处起步阶段，新证据表明其在基因表达调控中具有关键作用。

与蛋白质编码基因产生的mRNA相比，长链非编码RNA（lncRNA）表现出更低的剪接效率、更复杂的可变剪接模式及更高的IR发生率。这种差异源于lncRNA独特的生物学特性：缺乏蛋白质编码压力使其剪接信号较弱，且常含有非经典剪接位点。研究显示，lncRNA中IR事件可达mRNA的3-5倍，某些特定lncRNA亚类的IR率甚至超过60%。

Causes of IR in lncRNAs

lncRNA的IR现象主要受三大因素驱动：

1. 剪接机制缺陷：弱化的5'剪接位点（5'ss）和分支位点（BPS）导致剪接体组装效率低下

2. 染色质环境：组蛋白修饰（如H3K36me3）的异常分布影响剪接因子募集

3. RNA二级结构：保守的茎环结构可能遮蔽关键剪接信号

Functional Consequences

保留的内含子可产生多重效应：

• 核质分布：含IR的lncRNA更倾向滞留细胞核，通过内含子中的核保留信号（NRS）发挥作用

• 分子互作：保留序列可能产生新型RNA结合蛋白（RBP）识别位点

• 降解调控：某些IR事件会激活无义介导的降解（NMD）通路

Research Challenges

当前领域面临三大技术瓶颈：

1. 高通量测序中IR事件的准确识别

2. 缺乏针对lncRNA的特异性剪接预测模型

3. 体内验证实验体系不完善

未来研究需开发单分子成像等新技术，结合 CRISPR-Cas9 筛选系统，全面解析IR在lncRNA动态调控网络中的作用机制。