染色质可及性分析揭示番茄果实发育与驯化中功能性的顺式调控区域

本研究通过ATAC-seq技术绘制了番茄果实发育和驯化过程中顺式可及染色质区域(cis-ACRs)的动态图谱。研究人员发现这些调控区域在果实发育过程中呈现动态开关特征，并通过比较栽培种与野生种揭示了其在驯化过程中的重要作用。结合基因组结构变异(SVs)分析，证实SVs是栽培番茄特异性cis-ACRs形成的关键因素。团队更通过基因编辑技术鉴定了MBP3基因内含子区一个调控果实发育大小的功能性cis-ACR，为解析非编码DNA的调控机制提供了新视角。

　　

非编码DNA序列蕴藏着确保基因精确时空表达的调控程序，这对植物发育和性状形成至关重要。染色质可及性分析能识别这些"暗物质"中的功能性区域，成为破译非编码DNA奥秘的关键钥匙。多汁的番茄果实为研究果实发育提供了独特模型，但顺式可及染色质区域(cis-ACRs)在果实发育中的作用机制仍知之甚少。

最新研究运用ATAC-seq技术绘制了番茄果实发育全程的cis-ACRs动态图谱。时序差异分析捕捉到这些调控区域如同"分子开关"般的动态变化规律。更有趣的是，通过比较栽培番茄和野生种质，发现这些"基因组暗物质"在驯化过程中扮演着重要角色。基因组结构变异(SVs)分析提示，这些"基因组的结构重排"很可能是栽培种特异性cis-ACRs形成的幕后推手。

研究团队还运用基因编辑这把"分子剪刀"，在MBP3基因内含子区精准定位了一个调控果实大小的功能性cis-ACR，如同发现了一个控制果实发育的"隐秘开关"。这些发现不仅为理解番茄驯化提供了新视角，更为作物性状改良提供了潜在的"基因组调控密码本"。