甲基化测序与芯片技术比较研究：表观遗传时钟在技术差异下的稳健性评估

来自两个成人颊黏膜队列的100份技术重复样本被用于比较Infinium MethylationEPIC v2.0芯片与Twist Human Methylome Panel在753,648个共有CpG位点的甲基化变异性和信号强度。研究发现Twist测序技术存在甲基化分布偏倚，而EPIC芯片显示更强的信号强度。研究证实四种主成分(PC)训练的表观遗传时钟(pcHorvath1/2、pcHannum、pcDNAm PhenoAge)具有跨技术稳健性，其中pcHorvath1在芯片(MRD=0.459年)表现更优，pcHorvath2在测序(MRD=0.760年)更稳定。该研究为表观遗传年龄预测的技术选择和方法优化提供了重要依据。

　　

在这项引人入胜的表观遗传学研究中，科学家们像技术侦探一样对比了两种主流甲基化检测平台的表现。使用100份来自成人"口腔内壁"(buccal)的重复样本，研究人员将Illumina公司的Infinium MethylationEPIC v2.0芯片与Twist Bioscience公司的人类甲基化组测序板(Twist Human Methylome Panel)放在"显微镜"下比较，重点关注753,648个共有的CpG位点。

实验数据揭示出有趣的平台特性：Twist测序技术像"偏食者"一样产生了倾斜的甲基化分布，而EPIC芯片则像"大嗓门"展现出更强的信号强度。但最令人振奋的发现是，四种经过主成分分析(Principal Component, PC)优化的表观遗传时钟——包括pcHorvath1、pcHorvath2、pcHannum和pcDNAm PhenoAge——就像"全能运动员"般在不同技术平台上都表现稳健。

具体来看，pcHannum和pcDNAm PhenoAge像"双胞胎"一样在两个平台都保持良好重复性(MRD值1.014-1.194年)，而pcHorvath1在芯片平台(MRD=0.459年)比测序平台(MRD=2.320年)更像"主场作战"，pcHorvath2则相反。相比之下，未经PC校正的原始时钟就像"失控的过山车"，在测序平台MRD值甚至飙升至20.180年。

这些发现如同"技术指南针"，为表观遗传学研究者在选择检测平台和年龄预测模型时提供了重要导航。研究强调，在追求表观遗传年龄预测的"精准医疗"道路上，技术特异性调整就像"量身定制的西装"一样不可或缺。