淡水湖泊玫瑰单胞菌GC11菌株的基因组草图揭示其在氮硫循环中的生态功能

来自北肯塔基大学的研究人员对从美国贝尔维尤Conservancy Park Lake分离的玫瑰单胞菌GC11菌株进行基因组测序，揭示了该环境菌株在复杂碳水化合物降解、亚硝酸盐(nirBD)和硫代硫酸盐还原(cysNC/cysD/cysH/sir)中的代谢潜能，为理解微生物在修复生态系统中的功能提供了新见解。

　　

在肯塔基州贝尔维尤一个由砂石矿坑改造的Conservancy Park Lake中，科研团队发现了一株具有粉红色菌落特征的玫瑰单胞菌(Roseomonas)GC11。该菌株的5.25Mb基因组草图显示，其不仅携带降解复杂碳水化合物的基因，更含有参与亚硝酸盐还原(nirBD)和同化型硫酸盐还原(cysNC/cysD/cysH/sir)的关键基因，暗示其在淡水生态系统的氮硫循环中扮演重要角色。

通过Illumina NextSeq 2000平台测序获得的177万条读长，经SPAdes组装后显示GC11与已知病原菌宫颈玫瑰单胞菌(R. cervicalis)的ANI值仅83.39%，dDDH值29.6%，证实其为潜在新种。值得关注的是，虽然玫瑰单胞菌属通常与导管相关医院感染有关，但GC11基因组中发现的代谢特征，特别是硫代硫酸盐还原途径，为理解该属微生物在环境中的生态功能提供了新视角。

这项由本科生课程推动的研究，采用KBase平台进行生物信息学分析，CheckM评估显示基因组完整度达100%。GTDB-Tk分类和PGAP注释共同揭示了GC11可能参与水生环境的生物地球化学循环，为人工修复水体的微生物组研究增添了新成员。