25株潜在生防细菌的全基因组测序分析：为防治恶疫霉(Phytophthora cactorum)提供分子基础

本研究报道了25株针对恶疫霉(Phytophthora cactorum)的候选生防细菌全基因组测序结果，涵盖芽孢杆菌(Bacillus)、假单胞菌(Pseudomonas)等5个属。通过Illumina NovaSeq平台获得高质量基因组数据（平均覆盖度180×，N50 66.1-1,044 kbp），经SPAdes组装和CheckM2评估显示99%以上完整度。这些数据为解析拮抗机制和开发新型生物农药奠定基础。

　　

ABSTRACT

研究团队针对全球重要植物病原菌恶疫霉(Phytophthora cactorum)的生物防治需求，完成了25株候选拮抗细菌的全基因组测序。这些菌株包含11株芽孢杆菌(Bacillus spp.)、7株假单胞菌(Pseudomonas spp.)等5个属，分离自香蕉根际、威士忌酒桶、花蜜等特殊生境。基因组数据已提交至GenBank（登录号JBNMSE-JBNMRG）。

ANNOUNCEMENT

恶疫霉作为危害草莓、苹果等经济作物的毁灭性病原体，传统化学防治面临耐药性加剧和环境污染等问题。研究团队从PME&BIM甘油保藏库中筛选出38株潜在拮抗菌，其中25株首次完成全基因组解析。

测序技术方面，采用Illumina NovaSeq平台生成151 bp双端读长，经Trimmomatic质控和Kraken2去污染后，使用SPAdes v3.15.4进行从头组装。关键质量指标显示：平均测序深度180倍（25-308×），contig N50最高达1,044 kbp（Bacillus subtilis ST01.11_056），GC含量35-62%与菌属特性相符。通过CheckM2评估显示所有基因组完整度>99%，污染率<1.13%。

值得注意的是：

1. 假单胞菌属基因组最大（6.6 Mbp），含5,926个编码基因；

2. 两株Priestia megaterium携带15个rRNA基因，暗示高蛋白合成能力；

3. 威士忌酒桶分离的Bacillus wiedmannii ST12.11_029显示出独特次级代谢基因簇。

ACKNOWLEDGMENTS

研究获得弗拉芒研究基金会（FWO 1SC6425N）和弗拉芒创新与创业局（VLAIO HBC.2017.0833）资助。这些基因组数据将促进：

• 拮抗相关基因（如抗生素合成、群体感应）的功能研究

• 比较基因组分析不同生境菌株的适应性进化

• 开发基于微生物组的生态防控策略