链霉菌Streptomyces auratus DSM 41897全基因组测序揭示33个次级代谢产物生物合成基因簇

来自美国能源部联合基因组研究所的研究人员对链霉菌Streptomyces auratus DSM 41897进行全基因组测序，通过PacBio Sequel II平台获得8.4 Mb高质量基因组（含2条线性染色体和1个环状质粒），GC含量达71.2%。该研究鉴定出33个生物合成基因簇(BGCs)，包括9个与已知抗生素合成高度同源的基因簇，为开发新型生物活性化合物提供了重要遗传资源。

　　

科研团队采用第三代测序技术对金色链霉菌(Streptomyces auratus)模式菌株DSM 41897展开基因组解密。通过PacBio Sequel II平台获取5,108,190条亚读长（N₅₀=5,855 bp），经Flye v2.8.1组装获得包含两条线性染色体（4.43 Mb+3.99 Mb）和12 kb环状质粒的完整基因组，经Circlator验证的组装结果覆盖度达2,279×，GC含量高达71.2%。

基因组注释揭示7,454个基因，包括7,300个蛋白编码基因及90个RNA基因。antiSMASH分析发现33个次级代谢产物生物合成基因簇(BGCs)，其中9个与MiBig数据库已知抗生素合成簇高度相似，包括异迁移霉素(iso-migrastatin)、溶脂素(lysolipin I)等聚酮化合物，以及放射性霉素(radamycin)等核糖体肽类。特别值得注意的是预测到的4个杂合型BGCs，可能编码结构新颖的"乌岭霉素"(ulleungdin)类化合物。

该菌株与相近菌株AGR0001（GenBank CP072931）相比，基因组支架数从238个优化至3个，为精准解析BGCs提供了理想模板。研究采用CheckM2评估显示基因组完整度100%，污染率仅0.32%，其高质量组装数据为挖掘新型抗生素奠定了重要基础。