菲律宾某三甲医院临床克雷伯菌株的耐药基因组特征及公共卫生意义

这篇研究报道了6株菲律宾临床分离的克雷伯菌全基因组测序结果，揭示了多重耐药（MDR）菌株携带β-内酰胺酶基因（如blaCTX-M-15、OXA-48）、可移动遗传元件（MGEs）及前噬菌体等特征，为ESKAPE病原体的耐药机制研究和感染防控提供了重要基因组资源。

　　

ABSTRACT

研究团队报道了6株分离自菲律宾马尼拉医疗中心（OMMC）不同临床样本的克雷伯菌基因组草图。这些菌株对多种抗生素表现出耐药性，均携带至少一种β-内酰胺酶基因、质粒和前噬菌体区域。值得注意的是，菌株OMCS-22-1797同时检出bla_CTX-M-15（ESBL）和MCR-8.2（粘菌素耐药）基因，基因组分析还揭示了丰富的防御系统（如CRISPR-Cas）和抗防御系统基因。

ANNOUNCEMENT

抗菌素耐药性（AMR）已成为全球公共卫生挑战。作为ESKAPE病原体组成员，肺炎克雷伯菌复合体（KpSC）在菲律宾多次引发碳青霉烯类耐药菌株暴发。本研究通过Illumina MiSeq平台对6株临床菌株进行测序（平均覆盖度66-123X），采用SPAdes组装和NCBI原核基因组注释流程，获得5.30-6.13 Mbp的高质量基因组草图（完整度100%，污染率<1.2%）。

基因组特征显示，5株被鉴定为肺炎克雷伯菌（平均核苷酸一致性98.79%-99.09%），1株为quasipneumoniae亚种。通过Kleborate分析发现，所有菌株均携带多重耐药基因，包括氨基糖苷类（aac(3)-IId、strA/B）、氟喹诺酮类（qnrS1）和磺胺类（sul1/2）耐药基因。特别值得关注的是：

• 质粒分析发现IncFIB/IncFII等接合型质粒

• 前噬菌体区域在5株菌中完整度达95%-100%

• 毒力评分显示OMCS-22-1274携带yersiniabactin（ybt1）、colibactin（clb2）和aerobactin（iuc1）全套毒力因子

ACKNOWLEDGMENTS

研究获得菲律宾科学技术部资助，测序数据已提交GenBank（登录号JBJOUR000000000-JBJOUM000000000）。这些基因组资源将为发展中国家耐药菌株的分子流行病学研究提供重要参考。