基于DArTseq SNP标记揭示埃塞俄比亚南部鳄梨种质资源的高遗传多样性与群体结构

为解决埃塞俄比亚鳄梨种质资源遗传多样性未充分挖掘的问题，研究人员利用单核苷酸多态性（SNP）标记技术，对267份鳄梨种质进行基因分型。通过Illumina HiSeq 2500平台测序获得2456个共显性SNP，分析显示染色体1的SNP数量最多，群体平均基因多样性（0.41）、多态信息含量（PIC=0.32）和观测杂合度（Ho=0.33）较高。分子方差分析（AMOVA）表明63.16%变异存在于个体内，群体间分化程度低至中度（FST=0.02-0.07）。系统发育分析将种质分为5-6个类群，为鳄梨育种和种质创新提供了重要分子依据。

　　

埃塞俄比亚鳄梨(Persea americana Mill.)种植历史超80年，其种质资源在复杂地形与气候适应过程中积累了丰富遗传变异。最新研究采用高通量DArTseq SNP标记技术，对来自Sidama、Gedeo和Wolayta地区的267份种质展开全基因组扫描。

实验采用NucleoMag^? Plant试剂盒提取叶片DNA（50-100 ng/μL），通过Illumina HiSeq 2500平台获得2456个高质量SNP位点。有趣的是，染色体1承载最多SNP标记，而4、10、11号染色体参考序列覆盖度较低。群体遗传参数显示：平均次要等位基因频率(MAF=0.32)、观测杂合度(0.33)和多态信息含量(PIC=0.32)均指向显著的遗传异质性。

分子方差分析(AMOVA)揭示金字塔式变异分布：63.16%变异存在于个体内部，仅6.55%存在于群体间。海拔梯度分析更发现63.76%变异集中在个体水平，暗示环境适应性选择可能弱于随机遗传漂变。群体分化指数F_ST值（0.02-0.07）证实存在亚群结构，贝叶斯聚类与主成分判别分析将种质划分为5-6个显著分支。

这种"高多样性-弱分化"的遗传格局，既为培育抗逆新品种提供了丰富基因库，也可能导致杂交育种中的生殖隔离现象。该研究首次系统解析了埃塞俄比亚鳄梨种质分子特征，为热带作物遗传资源保护与利用提供了范式。