新一代测序技术TypeSeq2在46种HPV基因型检测中的验证及其在疫苗试验中的应用价值

为解决HPV基因分型检测的标准化问题，美国国家癌症研究所(NCI)与哥斯达黎加团队合作验证了新一代测序技术TypeSeq2(TS2)。研究通过对比SPF10-LiPA25标准方法，证实TS2在检测46种HPV基因型时具有高准确性和实验室间可重复性，为HPV疫苗试验的病毒学终点评估提供了可靠工具。

宫颈癌作为全球女性健康重大威胁，其发病与高危型人乳头瘤病毒(HPV)持续感染密切相关。尽管 prophylactic HPV vaccines（预防性HPV疫苗）已展现出显著保护效果，但疫苗效力评估和流行病学研究高度依赖精准的HPV基因分型技术。当前主流检测方法SPF₁₀-LiPA₂₅虽被广泛采用，却存在通量限制和多重感染检测灵敏度不足等问题。美国国家癌症研究所(National Cancer Institute, NCI)联合哥斯达黎加生物医学研究基金会(Agencia Costarricense de Investigaciones Biomédicas-Fundación INCIENSA)的研究团队开发了新一代测序技术TypeSeq²(TS²)，并在历史性疫苗试验样本中完成系统性验证，相关成果发表于《The Journal of Infectious Diseases》。

研究团队采用三阶段技术路线：首先基于Costa Rica HPV Vaccine Trial(CVT)的1214份宫颈样本建立双盲检测队列，通过离子 torrent测序平台(Ion GeneStudio S5 System)实现46种HPV型别的多重PCR扩增与高通量测序；其次在NCI和哥斯达黎加实验室进行跨实验室验证，通过κ统计和McNemar检验评估与SPF₁₀-LiPA₂₅的一致性；最后采用according-to-protocol(ATP)和intention-to-treat(ITT)队列分析疫苗效力(VE)。

研究结果显示：

1. 检测一致性验证：TS²与SPF₁₀-LiPA₂₅对HPV16/18的阳性符合率(PPA)达71.7%-78.3%，κ值0.78-0.87显示几乎完全一致。对非疫苗型如HPV31/33/45的PPA为45.2%-65.3%，但TS²检出更多阳性样本(P_McNemar<0.05)。

2. 实验室重复性：NCI实验室内部重复检测HPV16的PPA达78.1%(κ=0.87)，哥斯达黎加实验室为86.7%(κ=0.93)，显示优异的重现性。

3. 疫苗效力评估：在ATP队列中，TS²测得HPV16/18的VE为94.8%(95% CI,71.4%-99.8%)，与SPF₁₀-LiPA₂₅的81.2%无统计学差异(P=0.17)。对交叉保护型HPV31/33/45的VE估计也保持稳定(69.8% vs 72.9%)。

该研究证实TS²作为新型NGS检测技术，不仅解决了传统方法在多重感染检测中的局限性，其标准化操作流程更适用于中低收入国家实验室建设。特别值得注意的是，尽管TS²显示出更高的检测灵敏度，但通过严格的疫苗效力反验证，证实其特异性未受高灵敏度影响。这一突破为全球HPV疫苗推广和宫颈癌消除计划提供了关键技术支持，尤其对ESCUDDO等大型临床试验的病毒学终点判定具有里程碑意义。