综述：鸟枪法宏基因组研究中粪便微生物组与结直肠肿瘤的关系

这篇综述系统评价了粪便微生物组与结直肠肿瘤（CRC）的关联，通过分析26项鸟枪法宏基因组测序（shotgun sequencing）研究，发现梭杆菌属（Fusobacterium nucleatum）和小单胞菌（Parvimonas micra）在CRC患者中显著富集，但研究间异质性高，需标准化方法提升证据质量。

　　

摘要

人类肠道微生物组与结直肠肿瘤的关联备受关注，但不同研究结果的可重复性有限。本综述纳入26项鸟枪法宏基因组研究，涵盖22个人群（亚洲13项、欧洲5项、北美4项），样本量14-971人（平均170人）。研究发现，CRC患者中梭杆菌属和小单胞菌的富集具有较高一致性（分别见于10项和9项研究），但多数研究（21/26）因病例选择偏倚等问题质量评分较低。

引言

肠道微生物组与CRC的关联机制尚不明确。结肠镜虽是金标准，但非侵入性标志物如粪便免疫化学检测（FIT）联合微生物标记可能提升诊断效能。既往综述多混合不同测序技术，而本研究聚焦粪便样本的鸟枪法测序，因其可检测物种至株水平及功能基因。

方法

系统检索截至2023年6月的4大数据库，筛选比较CRC/息肉与对照的粪便宏基因组研究。采用纽卡斯尔-渥太华量表评估质量，数据合成遵循SWiM指南，重点分析α/β多样性及物种水平差异（CRC相关物种需≥3项研究支持，息肉相关需≥2项）。

结果

研究特征：最大研究含971例（美国）和578例（日本）样本，但平均仅170例。对照组定义差异大，包括内镜正常者、“健康”人群甚至痔疮患者。

细菌发现：

• α多样性：16项研究报道，结果不一致，与质量评分无明确关联（图2）。

• 关键物种：CRC患者中梭杆菌属（10项）、小单胞菌（9项）、麻疹孪生球菌（Gemella morbillorum，7项）和消化链球菌（Peptostreptococcus stomatis，7项）显著富集；对照组则富含普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）等有益菌（表2-3）。

• 息肉差异：息肉相关菌群信号重复性差，可能与分组异质性（如腺瘤/SSL混合分析）有关。

非细菌发现：

• 病毒：4项研究中93种病毒与CRC相关，但无交叉验证。

• 真菌：6种曲霉菌属（Aspergillus）在CRC中一致富集（表5）。

• 古菌：仅1项研究报道甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）与CRC负相关。

讨论

尽管梭杆菌属和小单胞菌的关联具有跨人群一致性，但研究间的方法学差异（如样本处理、DNA提取试剂盒）限制了结论外推。尤其息肉研究因分类标准不统一（如英国/欧洲/美国指南差异）难以整合。未来需国际共识协议以减少偏倚，并开展纵向研究明确因果关系。

创新点与局限

首次专注射击法宏基因组证据，但受限于横断面设计和未调整混杂因素。建议建立微生物组研究专用质量评价工具，并探索pks⁺大肠杆菌等“驱动菌”的机制。

展望

标准化流程下的大规模数据整合或可推动微生物标志物临床应用，例如联合FIT优化结肠镜分流，减轻医疗负担。