细菌相关基因通过生物信息学策略在肝细胞癌中的作用评估

研究人员通过整合611个细菌反应相关基因，采用TCGAbiolinks、edgeR和DESeq2等生物信息学工具，揭示了肝细胞癌(LIHC)中关键枢纽基因(TNF/IL1B/CD4/IL6/IL10/TLR2/TLR4)与中性粒细胞胞外诱捕网形成(KEGG)、免疫系统(Reactome)等通路的关联，为LIHC治疗提供新靶点。

　　

肝细胞癌(LIHC)的分子机制错综复杂，近期研究发现细菌反应相关基因可能参与肿瘤发生过程。这项研究运用生物信息学手段，系统分析了TCGA数据库中LIHC的基因表达谱，通过edgeR和DESeq2筛选差异表达基因(DEGs)，并与611个文献挖掘的细菌反应基因进行维恩图交叉分析。功能富集显示这些基因显著富集于中性粒细胞胞外诱捕网形成(KEGG)、免疫系统(Reactome)等通路。

借助STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)，Cytoscape可视化结合CytoHubba插件鉴定出7个核心枢纽基因：促炎因子TNF、IL1B、IL6，免疫调节分子CD4、IL10，以及模式识别受体TLR2/TLR4。这些基因不仅构成LIHC的关键调控网络，其表达特征更具诊断价值。

该研究首次整合细菌反应基因与LIHC分子图谱，揭示微生物-宿主互作可能通过免疫调控影响肝癌进程，为开发基于菌群-免疫轴的新型治疗策略奠定理论基础。