综述：临床宏基因组学在病毒病原体诊断与监测中的应用

（编辑推荐）本综述系统阐述了宏基因组学（Metagenomics）在病毒诊断（如COVID-19）、疫情调查及新发病原体监测中的突破性应用，涵盖高通量测序技术、病毒富集方法及临床验证流程，为公共卫生防控提供前沿技术视角。

　　

Abstract

宏基因组学正逐步成为病毒诊断与监测的核心工具。其非靶向性（pathogen-agnostic）特点可有效应对未知病原体检测需求，在疫情暴发调查（如SARS-CoV-2溯源）和新发病毒发现中展现独特优势。

技术进展

第三代测序技术（如Oxford Nanopore）显著缩短检测周期，而探针捕获富集（viral enrichment）策略将灵敏度提升10³倍。2023年Nature报道的"泛病毒组"（Pan-viral）探针面板可同步检测8000+种病毒亚型。

应用场景

1. 临床诊断：针对脑炎病例的脑脊液宏基因组检测，阳性率较传统PCR提高47%；

2. 环境监测：基于污水宏基因组学（Wastewater-based epidemiology, WBE）成功预警Delta变异株社区传播；

3. 病毒发现：通过负链RNA富集技术发现新型呼吸道病毒（如HuoV-1）。

挑战与展望

标准化流程（ISO/CLIA认证）和生物信息学分析（如Kraken2算法）仍是临床转化瓶颈。未来或将整合CRISPR-Cas_12a快速检测与宏基因组学，构建"监测-诊断-治疗"闭环体系。