囊性纤维化呼吸道菌群中罗氏菌属(Rothia spp.)的基因组特征与生态互作研究

来自哥伦比亚大学医学中心的研究团队针对囊性纤维化(CF)呼吸道疾病中罗氏菌属(Rothia spp.)的功能未知性问题，对8株临床分离株进行全基因组测序分析。研究通过Illumina NextSeq2000平台结合SPAdes组装技术，首次揭示R. mucilaginosa与R. dentocariosa的基因组差异（GC含量53.65%-59.53%，基因数1,806-2,239），为解析CF呼吸道微生物组互作机制提供重要数据支撑。

　　

在囊性纤维化(CF)患者的痰液微生物群落中，罗氏菌属(Rothia spp.)不仅是优势菌群，还表现出活跃的转录活性。为揭示其在CF呼吸道疾病中的作用，研究者对8株临床分离株展开基因组解码之旅——其中7株来自CF患者咽拭子，1株源自美国国立卫生研究院(NIH)人类微生物组计划(HMP)。

实验团队采用含林可霉素(5 μg/mL)和硫酸粘菌素(10 μg/mL)的心浸液琼脂平板，在37°C需氧/厌氧条件下成功分离菌株。基因组提取使用Monarch Spin试剂盒，随后通过Illumina NextSeq2000平台进行双端150bp测序，平均覆盖深度达119-199x。借助SPAdes v3.15.3组装的基因组显示：3株为粘液罗氏菌(R. mucilaginosa)，5株为龋齿罗氏菌(R. dentocariosa)，其基因组大小2.28-2.58Mb，N50值最高达1,446,065bp。

值得注意的是，龋齿罗氏菌的基因数量(2,139-2,239)显著多于粘液罗氏菌(1,806-1,815)，这种基因组规模的差异可能暗示着它们在CF呼吸道微环境中的不同生态策略。所有组装基因组经CheckM评估显示>98%的完整性，其中6株菌株更达到99.34%的完美标准。这项研究不仅建立CF相关罗氏菌的基因组数据库，更为理解呼吸道微生物"社交网络"中的种间互作打开新视角。