青藏高原草食性野生动物细小病毒暗物质组的病毒宏基因组学解析

为解决青藏高原草食性野生动物携带未知细小病毒（Parvoviridae）的生态风险问题，研究人员通过病毒宏基因组技术分析741份粪便样本，鉴定出32种细小病毒（含13种Parvovirinae亚科病毒、5种Densovirinae亚科病毒及5种Hamaparvovirinae亚科病毒），其中9种为未分类新病毒。该研究首次系统揭示高原野生动物细小病毒暗物质（viral dark matter）多样性，为跨物种传播风险评估提供重要科学依据。

　　

在被誉为"世界屋脊"的青藏高原，独特的极端环境孕育了特殊的生态系统，其中草食性野生动物作为关键物种维持着生态平衡。然而，随着气候变化和人类活动加剧，野生动物与家畜、人类的接触频率显著增加，这为病原体跨物种传播埋下隐患。细小病毒（Parvoviridae）作为最小的DNA病毒，具有极强的环境抗性和广泛的宿主范围，其变异株可能突破物种屏障引发疫情。但迄今为止，科学界对高原野生动物携带的细小病毒多样性认知仍存在巨大空白——这些未被探索的"病毒暗物质"（viral dark matter）可能隐藏着潜在的健康威胁。

为揭开这一谜团，江苏大学与青海省地方病预防控制研究所联合团队在《BMC Microbiology》发表了一项开创性研究。研究人员采集了高原6种草食性野生动物（岩羊、鹅喉羚、藏原羚、白唇鹿、野牦牛和盘羊）的741份粪便样本，通过病毒宏基因组测序技术（viral metagenomics）结合新一代测序（NGS），系统解析了细小病毒的组成特征。研究采用DNase/RNase消化去除宿主核酸、0.45 μm过滤富集病毒颗粒，通过Bowtie2去宿主序列、MEGAHIT组装contig，最终利用NS1蛋白序列进行系统发育分析。

病毒组整体特征

研究获得2,772,415,048条原始reads，其中44,465,235条为病毒相关。物种累积曲线显示样本量足以覆盖病毒多样性（图1b）。病毒组以DNA病毒为主（52.40%），Parvoviridae在盘羊中丰度最高（图2d）。

新型病毒发现

研究鉴定出32个细小病毒contig，包括：

1. 1.

   Densovirinae亚科：5个新病毒，NS1蛋白相似性<53%，其中Bha12par01与牛虻病毒（Haematobia irritans densovirus）仅45.35%同源性（图3）。

2. 2.

   Hamaparvovirinae亚科：5个Chaphamaparvovirus属病毒，与美国绵羊病毒（QXO96491）聚为一支（图4）。

3. 3.

   Parvovirinae亚科：13个病毒分属Bocaparvovirus（如Arg148par01与鹿病毒相似性72.96%）、Dependoparvovirus和Protoparvovirus（图5）。

4. 4.

   未分类病毒：9个病毒形成独立进化支，如Bha9par01与蝙蝠病毒（DBA50301）相似性56.96%（图6）。

跨物种传播线索

Arg148par01在11个岩羊库中检测到高度相似序列（96.5%），Bha23par01与泰国鸽病毒（YP_010797210）相似性达99.05%，提示病毒可能通过野生动物迁徙实现跨区域传播。

这项研究首次绘制了青藏高原草食性野生动物细小病毒暗物质图谱，发现的32个病毒中多数为潜在新种。研究不仅填补了高原病毒多样性认知空白，更揭示了病毒跨物种传播的分子证据。特别值得注意的是，部分病毒与已知致病株（如犬细小病毒CPV）存在远缘关系，其宿主适应机制值得深入探究。该成果为预警人兽共患病风险、维护高原生态健康提供了重要的本底数据，也为理解病毒进化史提供了新的"拼图碎片"。未来需结合血清学调查和功能实验，进一步验证这些病毒暗物质的生物学意义。