基于新一代测序与荧光原位杂交技术验证CDKN2A缺失在非小细胞肺癌中的检测准确性研究

【编辑推荐】本研究通过对比新一代测序（NGS）与金标准荧光原位杂交（FISH）技术，系统评估了1118例非小细胞肺癌（NSCLC）患者CDKN2A缺失检测的准确性。发现NGS与FISH总体符合率达88.2%，但存在11.8%假阳性，提示需结合CN值（1.02）、肿瘤纯度等参数综合判读，为临床精准检测提供重要依据。

【亮点聚焦】

CDKN2A改变在非小细胞肺癌中的评估：基于新一代测序技术

【背景】

新一代测序（NGS）因其高通量和高效性被广泛用于癌症CDKN2A状态评估。然而，NGS与拷贝数变异（CNV）检测金标准——荧光原位杂交（FISH）间偶见差异。本研究通过对比NGS与FISH，评估NGS检测CDKN2A缺失的准确性。

【方法】

回顾性分析复旦大学附属肿瘤医院1118例接受NGS检测的非小细胞肺癌（NSCLC）患者。其中56例经NGS检出CDKN2A拷贝数缺失，51例有足够组织样本者进一步用FISH验证。

【结果】

FISH证实88.2%（45/51）NGS检出病例存在CDKN2A缺失。其中93.3%（42/45）为纯合缺失，6.7%（3/45）为杂合缺失。剩余11.8%（6/51）FISH显示CDKN2A拷贝数正常，其CDKN2A/CEP9比值介于0.71-1.09。这些不一致病例的NGS检测显示中间CN值（均值：1.02）、不稳定的CNV基线，且多数（>30%）存在单倍体证据，可能是误判原因。

【结论】

虽然NGS检测CDKN2A缺失与FISH具有较高一致性，但在CN值居中、肿瘤纯度低或CNV基线不稳定的样本中可能出现假阳性。临床解读NGS的CDKN2A CNV结果时需综合评估这些因素。

（注：翻译严格遵循生物医学专业性，采用"拷贝数"对应CN、"纯合/杂合缺失"等标准术语，关键参数保留原文数值范围和百分比表述形式，并保持学术文本的严谨性）