奶牛规模化养殖系统中乳汁与粪便微生物组及抗生素耐药性特征分析

这篇研究采用宏基因组学方法，首次系统揭示了印度规模化奶牛场中乳汁与粪便的微生物组构成及抗生素耐药基因(ARGs)分布特征。研究发现粪便样本具有更高的微生物多样性，共鉴定出290种ARGs涉及27类抗生素，其中氨基糖苷类耐药基因最为普遍。该研究为"One Health"框架下防控抗菌素耐药性(AMR)提供了重要数据支持。

　　

Highlight

本研究通过分析36对乳汁和粪便样本的宏基因组数据（总计5.39亿条reads，406.9GB数据），首次绘制了印度规模化奶牛场的抗生素耐药组图谱。研究揭示粪便样本展现出更丰富的微生物多样性（含37个细菌门），其中厚壁菌门(Bacillota)占比高达53.3%。乳汁中以梭菌属(Clostridium)为主，而粪便中双歧杆菌属(Bifidobacterium)占优势。

Results and discussion

在健康奶牛（采样前3个月未使用抗生素）的样本中，共鉴定出290种独特的抗生素耐药基因，涉及27类药物和12种耐药机制。有趣的是，虽然乳汁样本携带更多种类的ARGs（229种），但粪便中ARGs的实际丰度更高。氨基糖苷类耐药基因在两类样本中均占据主导地位，凸显了这类抗生素在畜牧业中的选择压力。

Conclusions

本研究证实规模化奶牛养殖系统是抗生素耐药基因的重要储存库，特别是粪便表现出更活跃的耐药基因传播潜力。研究强调需要建立基于"One Health"理念的监测体系，重点关注氨基糖苷类等常用兽用抗生素的耐药性演变。这些发现为制定针对性的AMR防控策略提供了科学依据。