缅甸本土鸡群体遗传多样性及种群结构的双酶切限制性位点关联DNA测序研究

本研究采用双酶切限制性位点关联DNA测序（ddRAD-seq）技术，首次对缅甸8个本土鸡群体（MICs）的遗传多样性（GD）和种群结构进行了全基因组分析。通过20,261个常染色体SNP标记，揭示了MICs独特的遗传聚类特征（如蓝色簇），并发现其与亚洲其他地区鸡群存在显著分化（FST分析）。研究鉴定出150个差异选择区域（DSRs），其中质膜（GO:0005886）和细胞外周（GO:0071944）相关基因可能为MICs的潜在选择特征，为东南亚家禽资源保护与育种提供了重要分子依据。

　　

引言

缅甸作为全球前20大家禽生产国，其本土鸡（MICs）因适应性强、肉质优良成为重要蛋白质来源。尽管表型特征和线粒体DNA研究已初步揭示MICs的独特性，但全基因组水平的研究仍属空白。本研究首次采用ddRAD-seq技术，通过对8个MICs群体（包括4个肉用型和2个斗鸡型）的全基因组SNP分析，填补了这一领域的研究缺口。

材料与方法

样本采集：研究涵盖157只MICs（含6个地方品种和2个区域群体），以及80只亚洲本土鸡和60只商业鸡对照。DNA提取采用Qiagen试剂盒，ddRAD-seq文库使用BglII和EcoRI双酶切构建，Illumina HiSeqX平台完成测序。

数据分析：

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  SNP检测：原始数据经STACKS流程处理，获得20,261个高质量常染色体SNP，注释显示60.4%位于内含子区，错义/同义突变比为0.3938。

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  遗传多样性：计算观测杂合度（H_O）和期望杂合度（H_E），MICs的H_E范围为0.259±0.175（MYN_FCN）至0.282±0.152（MYN_YGN）。

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  种群结构：通过PCA、ADMIXTURE（最优K=8）和Neighbor-Net分析，发现MICs具有独特的蓝色遗传簇，而斗鸡群体MYN_FCN表现出高度独立性。

结果与讨论

遗传分化：

1. 1.

   群体分层：PCA显示MICs与亚洲鸡群形成三个显著分组——缅甸斗鸡、纯种MICs、缅甸-亚洲混合群体。斗鸡群体在ADMIXTURE中呈现单一祖先成分，提示长期定向选择。

2. 2.

   选择信号：通过F_ST分析鉴定出150个DSRs，其中48个位于斗鸡与MICs之间（如染色体1的4438个SNP），54个位于斗鸡与亚洲群体之间。GO富集分析发现：

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     质膜相关基因（如STAU2、GPM6A）在MICs中显著富集，前者与H5N1病毒复制相关，后者在新城疫感染中差异表达。

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     脂肪沉积基因DLC1在MICs与亚洲群体比较中凸显，可能反映当地对肉质的选育偏好。

应用价值：

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  首次揭示MICs的基因组特征，为东南亚家禽资源保护提供分子标记。

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  鉴定的抗病相关基因（如MMR1l3）可为抗沙门氏菌育种提供靶点。

结论

本研究系统解析了MICs的遗传多样性与种群结构，发现其独特的基因组特征和选择信号。未来可基于DSRs区域开发分子标记，指导缅甸家禽产业的品种改良与疾病防控。